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病原性データベースの構築およびゲノム全遺伝子の相互比較による相関解析

通过基因组中所有基因的相互比较构建致病性数据库并进行相关性分析

基本信息

批准号：
15013236
负责人：
黒川顕
金额：
$ 1.66万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2003
资助国家：
日本
起止时间：
2003 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15013236/
关键词：
病原性データベース比較ゲノム

项目摘要

本研究は,病原性という表現型により細菌を分類し,それら表現型に寄与する遺伝子群を全遺伝子の網羅的解析により抽出しようとするものである.具体的には,入手できる全遺伝子を対象とするのではなく,まず第一段階として同属同種異株として5株のゲノム全配列が得られるA群レンサ球菌をターゲットとし,遺伝子の保存性,特異性にとどまらず,tRNA,遺伝子間領域にいたる多岐にわたるデータをバイオインフォマティクスの手法と分子進化学的手法を駆使することで,徹底的に比較解析をおこなった.その結果,全遺伝子の約81%の遺伝子が保存しており,各株に特異的な遺伝子群が,ゲノム中に取り込まれているファージに集中している,ヒアルロン酸分解酵素などの遺伝子であることが明らかとなった.分子進化学的解析からは,付着に関する遺伝子において,保存されている遺伝子群とは異なり株間で多様化が生じていることが明らかとなった.さらに,Synteny解析により,SSI-1株において,一部のファージ領域の相同性により、ゲノムレベルでのアレンジメントが生じていこることが明らかとなった.これらの情報は申請者が構築した細菌ゲノムのサーバーにて公開されている.また各株にお串ける病原性との相関解析から,劇症型の疾病が,これら特異的な遺伝子群と関係があることが示唆できた.さらに,ファージの相同性を原因とするゲノムレベルのリアレンジメントによりそれら遺伝子群が構造単位で組換わることも,本病原菌における劇症株の出現と何らかの関係があることも示唆できた.また,病原性データベースに関しては,特徴的な病原性に関するデータベースは作成完了し,平成15年度の合同班会議にて発表した.しかしながら,文献から抽出した全情報をデータベース化しようと試みたものの,非常に多くの表現型から構成される点,および病原性という曖昧な定義が原因で,効率の良いデータベース作成が困難であった.現在,血便という病原性に関与している3型分泌装直に焦点を絞った解析にて論文を執筆中である.

In this study, the pathogens were classified and sent to the full-network analysis of the subgroup of pathogens. For a specific sample, start with the whole virus, the whole cell, the whole cell, the first stage, the same strain, the same strain, the In the field of communication, there is no difference between the two fields. The molecular chemical technique makes the difference between the two parts of the world. The results showed that about 81% of the whole plants were conserved, and the specific subgroups of each plant were collected from the whole plant, and the acid decomposing enzymes were collected. The molecular chemical analysis method is used to determine the molecular weight of the plant, so that the subgroup of the enzyme subgroup can be saved, and the chemical products between the plants will be saved. The Synteny analysis shows that the SSI-1 strain is similar to each other in the field, and that the field is similar. Please tell me that the application is open to the public. The pathogenicity of each plant was analyzed, the disease of the disease, the subgroup of the disease, the subgroup of the disease, the pathogeny of the disease, the disease of the disease and the subgroup of the disease. The cause of homology is the same as that of the pathogen. The reason is that the subgroup of the pathogen is responsible for the occurrence of the disease. The pathogenicity, the pathogeny, the pathogenicity, the pathogenicity, the pathogeny, the pathogeny, the pathogenicity, the pathogeny, the pathogenicity, the pathogenicity, In the literature, the information was extracted from the literature, and the information was extracted from the literature. In the literature, the information was extracted from the literature. In the literature, the information was extracted from the literature, the information was extracted from the literature, and the information was analyzed in the literature. At present, blood and stool are pathogenic and serotype 3 secrete in the analysis of the focus of blood and stool.