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固相培養条件下の麹菌における遺伝子の動的発現制御機構の解明とその応用

固相培养条件下曲霉动态基因表达调控机制的阐明及其应用

基本信息

批准号：
22K05405
负责人：
兒島孝明
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Meijo University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

本研究では、A. oryzaeの固体培養における遺伝子発現動態の包括的理解とその技術基盤構築を目的として研究期間1年目に以下のアプローチを実施した。・SC条件下のA. oryzaeにおけるmRNAレベルでの動的転写制御機構のデータベース構築の予備検討SC培養後のA. oryzaeより抽出したRNAを用いることで一定時間ごとの遺伝子発現動態をトレースできるかどうかの予備検討を実施した。A. oryzae野生株を寒天プレート上で培養し、植菌後3日後から7日後まで1日おきに菌体を回収した。これらの菌体よりRNAを抽出し、高速DNAシーケンサーによって各培養時間ごとのA. oryzae全遺伝子の発現データを取得した。取得した発現動態をもとにクラスタリングを実施し、類似発現パターンを示す遺伝子群をグループ化した。各クラスター中の遺伝子の機能を精査したところ、一つのクラスターでは過半数がリボソームタンパク質で構成されていた。この結果は、サンプリングからRNA-Seq、クラスタリングに至る一連の作業工程の適切さを示すものであった。

The purpose of this study is to understand the current dynamics of solid culture of A. oryzae and to build a technical base for the purpose of the research period of 1 year or less.・A. Construction of the control mechanism of oryzae mRNA activity under SC conditions. Preparation after SC culture. Oryzae より draws out したRNA を uses いることで for a certain period of time ごとの伝子発appears dynamic をトレースできるかどうかのいることでを実事した. The wild strain of A. oryzae is cultured in cold weather and recovered after 3 days and 7 days after inoculation and 1 day after bacterial growth.これらのBacterial body よりRNA を extraction し, high-speed DNA シーケンサーによって Each culture time ごとのA. Get the dynamic した発appears をもとにクラスタリングを実士し, similar to 発appears パターンをshow す伝子群をグループ化した. Each クラスター中の缝子の function を fine check したところ、一つのクラMore than half of the スターではがリボソームタンパクqualityで constitutes されていた.このRESULTSは, サンプリングからRNA-Seq, クラスタリングに to る一连のoperation engineering のappropriate さをshow すものであった.