Elucidation of enzyme function by X-ray crystal structure at room temperature.

室温下通过 X 射线晶体结构阐明酶的功能。

基本信息

  • 批准号:
    22K05441
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 2.5万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
  • 财政年份:
    2022
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2022-04-01 至 2025-03-31
  • 项目状态:
    未结题

项目摘要

酵素の多才な機能は酵素タンパク質の構造変化によって発揮される。タンパク質の構造変化を研究する手段としてはX線結晶構造解析が最も有効であるが、結晶中のタンパク質は結晶中で対称分子と相互作用しているために、構造変化を捉えるには対象部位の構造変化が結晶中で観察できる結晶を調製する必要がある。一般に行われている回折データの測定では分解能を向上させるため凍結結晶を用いるため、凍結による結晶格子の縮小とpHの変化の影響が大きく、真の構造変化を捉えるのが困難である。さらに、凍結保護剤の影響も無視できない。本研究では簡便なキャピラリー測定法を開発し、非凍結法を駆使した酵素と基質の複合体構造のpH変化を正確に捉えることで酵素機能の解明を行う。対象の酵素としては申請者が研究しているβ-アミラーゼの他、ソーマチン、CYP105A1、プロテイングルタミナーゼ、トランスグルタミナーゼ、コラーゲナーゼ、MHCクラスI分子等について、基質およびリガンドとの複合体のpHの変化による構造変化を明らかにすることを試みている。令和4年度は簡便なキャピラリー測定法の開発とキャピラリーを用いたβ-アミラーゼの基質複合体の非凍結測定を用いた活性部位構造のpH変化およびCYP105Aと非ステロイド系消炎剤との複合体の凍結結晶とキャピラリーを用いた非凍結結晶の構造比較を行った。さらに、ソーマチンのpHによる構造変化を明らかにするために、キャピラリーを用いた測定をpHを3.5~11まで変化させて行った。これらの構造解析の計算の効率化を図るためにファイルサーバーを導入した。
Enzymes have multiple な functions, <s:1> enzymes タ パ パ the structure of the tissue changes によって and play される. タ ン パ ク qualitative research の structural variations change を す る means と し て は X-ray crystal structure parsing が most も is sharper で あ る が, crystallization の タ ン パ ク qualitative は crystallization of で polices according to molecular と interaction し て い る た め に, structural variations を catch え る に は like parts of seaborne の structural variations in the が crystallization で 観 examine で き る crystallization を modulation す る necessary が あ る. General line に わ れ て い る inflexion デ ー タ の determination で は can decompose を upward さ せ る た め freezing crystallization を with い る た め and freeze に よ る crystal lattice の narrow と pH の - spheroidized の が big き く, true の structure - を catch え る の が difficult で あ る. Youdaoplaceholder0, the impact of the freeze protector さらに ignores で な な さらに. This study で は simple な キ ャ ピ ラ リ ー measurement を open 発 し, non freezing method を 駆 make し と た enzyme substrate の complex tectonic の pH variations change を に catch え right る こ と で enzyme function の interpret う を line. Like の seaborne enzyme と し て は applicants が research し て い る beta ア ミ ラ ー ゼ の him, ソ ー マ チ ン, CYP105A1, プ ロ テ イ ン グ ル タ ミ ナ ー ゼ, ト ラ ン ス グ ル タ ミ ナ ー ゼ, コ ラ ー ゲ ナ ー ゼ, MHC ク ラ ス I molecules such as に つ い て, matrix お よ び リ ガ ン ド と の complex の pH の variations change に よ る を structure variations See ら にする にする とを とを try みて る る る. Make simple and 4 year は な キ ャ ピ ラ リ ー measurement の open 発 と キ ャ ピ ラ リ ー を with い た beta ア ミ ラ ー ゼ の matrix composite の を measure not freeze い た の pH - active site structure change お よ び CYP105A と non ス テ ロ イ ド is antiphlogistic tonic と の complex の freezing crystallization と キ ャ ピ ラ リ ー を with い た non freezing crystallization の is を line construction Youdaoplaceholder0. さ ら に, ソ ー マ チ ン の pH に よ る structure - the を Ming ら か に す る た め に, キ ャ ピ ラ リ ー を with い た determine を pH を 3.5 ~ 11 ま で variations change さ せ て line っ た. Youdaoplaceholder0 れら construction analysis <e:1> calculation <e:1> efficiency rendering を graph るためにファ <s:1> サ サ バ を を import た.

项目成果

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专著数量(0)
科研奖励数量(0)
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专利数量(0)
Grimontia hollisae コラーゲナーゼのX線結晶構造解析と酵素活性の解析
Grimontia hollisae胶原酶的X射线晶体结构分析和酶活性分析
  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    炭 ひなた;鈴木 洋平;伊藤 晟;山下 哲;加納 健司;宋和 慶盛;片岡 邦重;安本瑞貴 他
  • 通讯作者:
    安本瑞貴 他
Structure of thaumatin under acidic conditions: Structural insight into the conformations in lysine residues responsible for maintaining the sweetness after heat-treatment
酸性条件下索马甜的结构:对赖氨酸残基中负责在热处理后保持甜味的构象的结构了解
  • DOI:
    10.1016/j.foodchem.2022.132996
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    8.8
  • 作者:
    Masuda Tetsuya;Okubo Kyohei;Baba Seiki;Suzuki Mamoru;Tani Fumito;Yamasaki Masayuki;Mikami Bunzo
  • 通讯作者:
    Mikami Bunzo
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三上 文三其他文献

甘味タンパク質の甘味発現機構
甜味蛋白的甜味表达机制
  • DOI:
  • 发表时间:
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  • 影响因子:
    0
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  • 通讯作者:
    谷 史人
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  • DOI:
  • 发表时间:
    2020
  • 期刊:
  • 影响因子:
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  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    穴水 康太郎;髙瀬 隆一;日尾 守;渡辺 大輔;三上 文三;橋本 渉
  • 通讯作者:
    橋本 渉
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甜味蛋白索马甜Asp21突变体的构效关系
  • DOI:
  • 发表时间:
    2015
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    村田 一輝;桝田 哲哉;三上 文三;谷 史人
  • 通讯作者:
    谷 史人
栄養補助食品のクロレラ錠剤に含まれるビタミンB12化合物の精密分析
营养补充剂小球藻片中维生素 B12 化合物的精确分析
  • DOI:
  • 发表时间:
    2014
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    桝田 哲哉;村田 一輝;佐野 文音;三上 文三;北畠 直文;谷 史人;浅井悠亮・美藤友博・多湖一憲・藪田行哲・竹中重雄・溝口亨・渡邉文雄
  • 通讯作者:
    浅井悠亮・美藤友博・多湖一憲・藪田行哲・竹中重雄・溝口亨・渡邉文雄

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β-アミラーゼのタンパク質工学
β-淀粉酶的蛋白质工程
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    01760072
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    $ 2.5万
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  • 财政年份:
    1988
  • 资助金额:
    $ 2.5万
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    Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
β-アミラーゼのX線構造解析
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  • 批准号:
    62760072
  • 财政年份:
    1987
  • 资助金额:
    $ 2.5万
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ラン藻フェレドキシン硝酸還元酵素遺伝子クローニング
蓝绿藻硝酸铁氧还蛋白还原酶基因克隆
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    60760071
  • 财政年份:
    1985
  • 资助金额:
    $ 2.5万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
SH基位置での切断によるβ-アミラーゼの一次構造決定に関する研究
通过SH基位置切割确定β-淀粉酶一级结构的研究
  • 批准号:
    57760067
  • 财政年份:
    1982
  • 资助金额:
    $ 2.5万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
β-アミラーゼの一次構造に関する研究
β-淀粉酶一级结构的研究
  • 批准号:
    56760052
  • 财政年份:
    1981
  • 资助金额:
    $ 2.5万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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