実験動物マウスの系統特異的な可動遺伝因子の挙動と疾患発症の連関解析

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本研究の目的は、疾患型と健常型のマウスモデル系統、FLS/Shi (非アルコール性脂肪肝炎)、NC/Nga (アトピー性皮膚炎）、STR/OrtCrlj(遺伝性変形性関節症)、日本産亜種由来のJF1/Ms(ヒルシュスプルング病）およびMSM/Ms（健常型）、合計5種類（以降、BRC5と記載する)の全ゲノムを対象にして、各系統の表現型に関連したゲノム多型を探索することである。特に長鎖ゲノム解読情報から得られた結果を活用して、短鎖ゲノム解読情報のみでは検出が難しかった構造多型（SV）および内在性可動遺伝因子（MGE）の分布の違いに注目する。また、本申請研究が対象とする表現型に関連して、ヒトとマウス双方の研究で利用可能なゲノム多型カタログの作成も目指している。研究初年度は、表記マウス系統の対象疾患に関連した遺伝子発現情報やエピゲノム情報を各種の公共データベースから収集するところから作業を進めた。遺伝子発現情報の検索については、NCBIのGEO (Gene Expression Omnibus)やSRA (Sequence Read Archive)、 GTEx (The Genotype-Tissue Expression)などを使用した遺伝子発現解析結果の検索を行った。エピゲノム情報の検索 については、UCSCゲノムブラウザや VISTA Enhancer Browser等を対象にして行なった。さらに、Mouse Genome Informaticsなどから当該系統の疾患感受性に関わる遺伝子の情報収集を行なった。また、現状のBRC5のゲノムスキャホールドをさらに高品質化する機会が得られたので、最新版のゲノムスキャホールドを使用して本申請研究の基盤情報となるSVやMGEの情報を得るための解析を行う事ができた。