実験動物マウスの系統特異的な可動遺伝因子の挙動と疾患発症の連関解析

实验室小鼠品系特异性移动遗传因子行为与疾病发病关系分析

• 批准号: 22K06061
• 负责人: 高田 豊行
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K06061/
• 关键词: 疾患モデルマウス; 可動遺伝因子; ゲノム構造多型

本研究の目的は、疾患型と健常型のマウスモデル系統、FLS/Shi (非アルコール性脂肪肝炎)、NC/Nga (アトピー性皮膚炎）、STR/OrtCrlj(遺伝性変形性関節症)、日本産亜種由来のJF1/Ms(ヒルシュスプルング病）およびMSM/Ms（健常型）、合計5種類（以降、BRC5と記載する)の全ゲノムを対象にして、各系統の表現型に関連したゲノム多型を探索することである。特に長鎖ゲノム解読情報から得られた結果を活用して、短鎖ゲノム解読情報のみでは検出が難しかった構造多型（SV）および内在性可動遺伝因子（MGE）の分布の違いに注目する。また、本申請研究が対象とする表現型に関連して、ヒトとマウス双方の研究で利用可能なゲノム多型カタログの作成も目指している。研究初年度は、表記マウス系統の対象疾患に関連した遺伝子発現情報やエピゲノム情報を各種の公共データベースから収集するところから作業を進めた。遺伝子発現情報の検索については、NCBIのGEO (Gene Expression Omnibus)やSRA (Sequence Read Archive)、 GTEx (The Genotype-Tissue Expression)などを使用した遺伝子発現解析結果の検索を行った。エピゲノム情報の検索 については、UCSCゲノムブラウザや VISTA Enhancer Browser等を対象にして行なった。さらに、Mouse Genome Informaticsなどから当該系統の疾患感受性に関わる遺伝子の情報収集を行なった。また、現状のBRC5のゲノムスキャホールドをさらに高品質化する機会が得られたので、最新版のゲノムスキャホールドを使用して本申請研究の基盤情報となるSVやMGEの情報を得るための解析を行う事ができた。

The purpose of this study is to investigate the relationship between disease type and normal type, FLS/Shi (Non-alcoholic steatohepatitis), NC/Nga All five types (as described in BRC5), including JF1/Ms, STR/OrtCrlj, JF1/Ms, and MSM/Ms (normal type) of Japanese origin, were investigated for their relationship with phenotype and polymorphism. Special attention is paid to the distribution of structural polymorphism (SV) and intrinsic mobility factors (MGE) in long-term locks and short-term locks. In addition, the present application studies the relationship between phenotypes and the use of possible phenotypes to create a target population. At the beginning of the study, the system's target diseases were recorded, and the information was generated. The information was collected from various public sources. The detection of gene expression information, NCBI's GEO (Gene Expression Omnibus), SRA (Sequence Read Archive), GTEx (The Genotype-Tissue Expression), etc. are used to detect the detection of gene expression analysis results. For example, the UCSC may use the VISTA Enhancer Browser to search for information. Mouse Genome Informatics is a collection of information related to disease susceptibility of the system. For example, the BRC5 must have a high quality of information, the latest version of the BRC5 must have a high quality of information, and the BRC 5 must have a high quality of information, and the BRC 5 must have a high quality of information.