スーパーエンハンサーによるオオノログ進化運命の拘束機構の研究

超级增强子抑制Ohnolog进化命运的机制研究

• 批准号: 22K06240
• 负责人: 荻野 肇
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: Hiroshima University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K06240/
• 关键词: 発生; 進化; ゲノム重複; エンハンサー; ツメガエル

四足動物の祖先型ゲノムを持つネッタイツメガエルに対して、アフリカツメガエルはゲノム重複（RX）を経験しているため、ネッタイツメガエルの１つの遺伝子に対して２コピーのオーソログ（倍加オーソログ）を持つ場合がある。同様に真骨魚も、その祖先種が四足動物の祖先種と分岐した後でゲノム重複（R3）を経験しているため、ネッタイツメガエルの１つの遺伝子に対して倍加オーソログを持つ場合がある。代表者らは先行研究により、RXとR3のいずれの後でも進化的に２コピーで維持されている269遺伝子種を同定している。本年度は、この269遺伝子種に関して、まずネッタイツメガエルの祖先型遺伝子の発現パターンと、それに対するアフリカツメガエルの倍加オーソログの発現パターン、およびゼブラフィッシュの倍加オーソログの発現パターンを比較し、両種で類似した発現パターンの進化的分化を示す、すなわち発現パターン分化の収斂進化を示す倍加オーソログ群を同定するための解析をおこなった。具体的には、脳、眼、心臓、腸、腎臓、肝臓、肺、筋肉、卵巣、膵臓、表皮、脾臓、胃、精巣等の組織を対象として、アフリカツメガエルの既存RNA-seqデータと、ネッタイツメガエルのRNA-seqデータから、両種の間でオーソログの発現パターンを比較するデータベースの作成を進めた。また、ゼブラフィッシュに関しても既存のRNA-seqデータを用いて、ツメガエルとの比較用データベースの作成を進めた。更にこの解析で同定した収斂進化遺伝子の１つのsox9について比較ゲノム配列解析をおこない、種間で保存されている非コード配列（Conserved Non-coding Element, CNE）のクラスターをスーパーエンハンサーの候補領域としてネッタイツメガエルに同定した。

The four-legged animal ancestor

项目成果

ツメガエルを用いたオオノログ進化メカニズムの研究とNBRP

利用非洲爪蟾和NBRP研究Oonorologues的进化机制

• 发表时间: 2022
• 作者: #*荻野 肇;田内 幹大;井川 武;坂口 裕介;鈴木 誠;鈴木 菜花;越智 陽城
• 通讯作者: 越智 陽城

Development of Xenopus as a high-throughput modeling system for human diseases caused by non-coding mutations

开发非洲爪蟾作为非编码突变引起的人类疾病的高通量建模系统

• 发表时间: 2022
• 作者: Nusrat Hossain;Takeshi Igawa;Makoto Suzuki;Nanoka Suzuki;Hajime Ogino
• 通讯作者: Hajime Ogino

広島大学 両生類研究センター 進化発生ゲノミクス研究グループ

广岛大学两栖动物研究中心进化发育基因组学研究组