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Inferring epigenomic changes during cell differentiation at single cell resolution

以单细胞分辨率推断细胞分化过程中的表观基因组变化

基本信息

批准号：
22K06330
负责人：
小柳香奈子
金额：
$ 2.58万
依托单位：
Hokkaido University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

本研究は、多細胞動物の細胞分化過程におけるエピゲノム変遷過程の推定を行うことを目的としている。分化途中の細胞を直接取得することには困難を伴うが、比較的取得が容易な分化した体細胞のエピゲノム情報を用い、これに分子系統解析を応用することで、問題の解決を試みる。今年度はエピゲノム情報として、クロマチン構造がオープンで活発な遺伝子転写と関連するクロマチンアクセシビリティ情報を用いた解析を行った。公共データベースから利用可能なマウス血球系細胞のクロマチンアクセシビリティ情報に基づき、1) 系統解析により細胞の分岐過程を推定し、2) 推定された樹形に基づき祖先節にあたる分化途中の細胞の状態の推定を試みた。得られた結果を既知の情報と比較し、推定結果の検証を行った。その結果、1) 既知の細胞の分岐過程を部分的に再構成ができることが示された。2) 分化途中の前駆細胞のクロマチンアクセシビリティ状態の推定については、高い特異度で予測が可能であった一方、感度は低い結果となった。このことはクロマチンアクセシビリティが発現状態と密接に関わりダイナミックに変化するために、前駆細胞特異的な状態を推定しにくく偽陰性が多いことを反映していると考えられた。

The purpose of this study is to estimate the process of cell differentiation in multicellular animals. The cells in the process of differentiation are easy to obtain, difficult to use, and difficult to solve. This year, the information structure is used to analyze the information. The public information system is used to estimate the differentiation process of the cells, and the estimation of the differentiation state of the cells in the tree is used to estimate the differentiation state of the cells. The results obtained are known and compared, and the presumptive results are verified. The results are as follows: 1) The re-constitution of the known differentiation process of cells. 2)Presumption of the state of differentiation of antecedent cells: high specificity, prediction, possibility, sensitivity, result The state of detection and close contact of the cells are estimated to be false negative.