長鎖非コードRNAによるTLS相分離を介した新規の転写制御機構の解明

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本研究の核心をなす問いは、「lncRNAはTLSの相分離に作用し転写を制御するのか」である。これに答えるために目的を設定した。目的は、相分離により形成される液滴に作用して転写を抑制するlncRNAを見いだすことである。これにより、新規の転写抑制機構を示すことになる。この目的を達成するために、2022年度はTLSに結合するlncRNAの検出法の確立を目指した。具体的には、GST-TLSにヒトHeLa細胞総RNAを結合させ、lncRNAを検出する方法を確立した。まず、大腸菌発現のGST-TLSを調製して、内因性の大腸菌RNAをMicrococcal Nuclease処理で除去した。このGST-TLSにHeLa細胞総RNAを結合させた。結合RNA画分から、RNA精製キットでTLS結合RNAを調製した。このTLS結合RNAから相補的なCyanine3標識のcRNAを合成し、ヒトlncRNAマイクロアレイにハイブリダイゼーションさせた。シグナル強度をスキャナーで測定した。出発物質であるHeLa細胞総RNAから、精製されたGST-TLS結合RNAの中でシグナルが2倍以上に上昇したRNA配列は1700種類以上が見いだされた。これらの配列で、10倍以上増加したRNAが50件ほど、20倍以上が10件以上となった。次年度は、これらのlncRNAが実際にTLSに結合し、相分離制御作用を有するかを検証していく。この成果は、相分離に作用して転写を抑制する新規のlncRNAを同定することになる。