長鎖非コードRNAによるTLS相分離を介した新規の転写制御機構の解明
阐明长非编码RNA TLS 相分离介导的新型转录控制机制
基本信息
- 批准号:22K06904
- 负责人:
- 金额:$ 2.66万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- 财政年份:2022
- 资助国家:日本
- 起止时间:2022-04-01 至 2025-03-31
- 项目状态:未结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
本研究の核心をなす問いは、「lncRNAはTLSの相分離に作用し転写を制御するのか」である。これに答えるために目的を設定した。目的は、相分離により形成される液滴に作用して転写を抑制するlncRNAを見いだすことである。これにより、新規の転写抑制機構を示すことになる。この目的を達成するために、2022年度はTLSに結合するlncRNAの検出法の確立を目指した。具体的には、GST-TLSにヒトHeLa細胞総RNAを結合させ、lncRNAを検出する方法を確立した。まず、大腸菌発現のGST-TLSを調製して、内因性の大腸菌RNAをMicrococcal Nuclease処理で除去した。このGST-TLSにHeLa細胞総RNAを結合させた。結合RNA画分から、RNA精製キットでTLS結合RNAを調製した。このTLS結合RNAから相補的なCyanine3標識のcRNAを合成し、ヒトlncRNAマイクロアレイにハイブリダイゼーションさせた。シグナル強度をスキャナーで測定した。出発物質であるHeLa細胞総RNAから、精製されたGST-TLS結合RNAの中でシグナルが2倍以上に上昇したRNA配列は1700種類以上が見いだされた。これらの配列で、10倍以上増加したRNAが50件ほど、20倍以上が10件以上となった。次年度は、これらのlncRNAが実際にTLSに結合し、相分離制御作用を有するかを検証していく。この成果は、相分離に作用して転写を抑制する新規のlncRNAを同定することになる。
The core of this study is "lncRNA's role in controlling TLS phase separation." The purpose of this is to Objective: To study the effect of phase separation on the formation of liquid droplets. The new rules and regulations on writing suppression mechanism are shown in the table below. If this goal is achieved, we are looking forward to the establishment of a detection method for lncRNA in conjunction with TLS in 2022. Specific methods for RNA binding and lncRNA detection in HeLa cells were established. GST-TLS modulation of E. coli production and removal of endogenous E. coli RNA by Micrococcal Nuclease treatment GST-TLS binds to HeLa RNA. RNA binding assay, RNA purification, TLS binding RNA modulation The TLS binding RNA is complementary to the Cyanine3 binding RNA. The intensity of the attack was measured. The total RNA of HeLa cells was extracted and purified, and the total RNA of GST-TLS was increased by more than 2 times, and the RNA sequence was increased by more than 1700 species. The number of RNA is 50 or more, and the number of RNA is 10 or more. In the next year, there will be evidence of TLS binding and phase separation inhibition. The results of this study are as follows: (1) The phase separation effect is inhibited by the new regulation of lncRNA identity.
项目成果
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专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Quest for novel long non-coding RNAs with inhibitory activity against phase separation
寻找具有相分离抑制活性的新型长非编码RNA
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Naomi Ueda,Ryoma Yoneda,Riki Kurokawa;黒川理樹
- 通讯作者:黒川理樹
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RNA 结合蛋白 TLS/FUS 识别的长非编码 RNA 的鉴定:通过 GST-TLS 亲和层析纯化 RNA
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Naomi Ueda;Ryoma Yoneda;Riki Kurokawa
- 通讯作者:Riki Kurokawa
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