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転移性乳癌で生じる多様な変異体タンパク質の機能異常性の網羅的解析と病的意義の解明

综合分析转移性乳腺癌中多种突变蛋白的功能异常并阐明其病理意义

基本信息

批准号：
22K07161
负责人：
中太智義
金额：
$ 2.33万
依托单位：
Japanese Foundation for Cancer Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

本研究は、転移性乳がんで生じる多様な変異体タンパク質の機能異常性を網羅的に解析するための実験系を構築し、その病的意義を明らかにすることを目的とする。はじめに、転移性乳がんで特異的に認められる遺伝子変異を抽出し、機能解析の対象とする候補を選定することを試みた。乳がんゲノム解析の各種文献やTCGA、COSMIC等の公共データベースから遺伝子変異に関するデータ（遺伝子上のアミノ酸部位、塩基置換の種類、アリル頻度等）を抽出し、原発乳がんと転移性乳がんでの頻度を網羅的に解析し、転移性乳がんで有意に頻度が上昇する変異群を同定した。さらに文献的な考察も加え、機能解析の対象とする変異候補を絞り込んだ。つぎに、変異体たんぱく質の機能異常性を網羅的に解析するためのシステム構築を試みた。本研究ではシングルセル解析とバーコード技術を組み合わせて、変異体の機能的解析を実施する計画である。そのため、ベクターの種類を特定できるバーコードをscRNA-seq解析やscATAC-seq解析で検出できるようなレンチウイルスベクターのシステムの構築を試みている。そのために必要なコンストラクトを作成し、各種実験条件の検討を行っている。さらに変異体の機能解析を実施する上で、どの細胞を用いて解析するかの選定が重要となる。そのため、いくつかの遺伝子のレポーターベクターを作成し、複数の乳がん細胞株においてレポーター活性を測定しデータベース化している。それにRNA-seqデータやATAC-seqデータのプロファイルを加味して、変異体の機能解析を実施するための最適な細胞株の選定を試みている。

The purpose of this study is to analyze the structure of the disease system and the significance of the disease. Select a candidate for a functional analysis. The analysis of various documents including TCGA, COSMIC, etc. on the relationship between genetic diversity (such as the acid sites on the genetic diversity, the types of nucleotide substitutions, and the frequency of deletions), the analysis of the frequency of genetic diversity and the frequency of migration, and the identification of the diversity of genetic diversity and the intentional increase in the frequency of migration In addition, there are no restrictions on the review of documents, the object of functional analysis, and the candidates for changes. The analysis of the abnormal nature of the disease and the construction of the disease system This study aims to analyze and implement the technology and function of the hybrid system. The analysis of scRNA-seq and scATAC-seq results show that the structure of the system. All kinds of conditions are discussed during the preparation of the necessary documents. The analysis of allogeneic function is important for the implementation of the above, and the analysis of cellular function is important for selection. To determine the activity of a plurality of milk cell lines The selection of the most suitable cell line for RNA-seq analysis and ATAC-seq analysis was carried out.