空間的遺伝子発現解析を用いた食道癌CRT抵抗性に関わる免疫微小環境の検討

利用空间基因表达分析检查与食管癌CRT耐药相关的免疫微环境

基本信息

批准号：
22K07774
负责人：
本村有史
金额：
$ 2.75万
依托单位：
Kyushu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K07774/
关键词：
CRT MYC増幅 Immune deconvolution IFN Visium 食道癌CRT抵抗性獲得機構クロストーク遺伝子

项目摘要

化学放射線治療（CRT）は進行食道癌に対する標準治療であるが、治療後の再発も多く予後不良である。我々は食道がんCRT抵抗性の獲得に関するゲノムレベルの進化を解明し、特に重要なゲノム変化としてMYC領域のコピー数増幅を報告した(Hirata H, Motomura Y. et al. Cancer Res, 2021)。しかしこれまでの解析ではCRT再発に関与するがん微小環境を勘案した機序解明はなされていない。われわれはVISIUM解析を実施する前に、まず最初に既存bulk検体のRNASeq解析のデータベースを用いてR PackageによるImmune deconvolution methodとMarker gene baseのmethodを使用し免疫細胞の分画を算出した。また、CRT治療前原発巣および抵抗性群間で免疫チェックポイント関連遺伝子群発現、制御性T細胞関連遺伝子群、免疫細胞浸潤(TGFβ・サイトカイン・ケモカイン等)関連遺伝子群を比較検討することで腫瘍免疫応答を総合的に評価し、CRT抵抗性/感受性との関連を検証した。その結果、どちらかに特異的な細胞はなく、有意な遺伝子も同定できなかった。次に解析パイプラインGenomon2を用いてマッピングしたRNASeqの発現データにおいて、Myc増幅の有無でGSEAを用いて解析した。その結果IFNα・γ反応性遺伝子群がMyc非増幅群に有意に濃縮していた。また、Myc増幅抵抗性群とMyc非増幅感受性群における遺伝子群プロファイルを比較したところADH1を筆頭にCXCL11、SMOC1、IGLV/KV/HV、NLRP7、CAPN14などの遺伝子が前者で有意に過剰発現していた。他方、後者で過剰発現していたのは免疫グロブリン関連遺伝子(IGLV,KV,HV)であった。現在、この結果に関する解釈を鋭意進めている。

化学放疗治疗（CRT）是晚期食管癌的标准治疗方法，但是治疗后有大量复发，预后很差。我们阐明了食管癌CRT耐药性的获取的基因组水平演变，并报告了MYC区域的拷贝数扩增，这是特别重要的基因组变化（Hirata H，Motomura Y..等。但是，先前的分析尚未揭示出与CRT复发有关的癌症微环境的机制。在进行visium分析之前，我们首先使用R封装和标记基因碱方法使用RNASEQ分析数据库使用现有体积标本的RNASEQ分析数据库，首先使用免疫反卷积方法计算免疫细胞分数。此外，通过比较和检查CRT治疗前和抗性基团之间的免疫检查点相关基因的表达，调节性T细胞相关基因和免疫细胞浸润（TGFβ，细胞因子，趋化因子等） - 相关基因 - 我们全面评估了肿瘤免疫反应，并验证了CRT耐药性/crt耐药性。结果，没有任何细胞特异性，也无法鉴定出明显的基因。接下来，使用GSEA分析了使用分析管道基因组映射的RNASEQ的表达数据，以分析MYC扩增的存在或不存在。结果，IFNα-γ反应基因组在MYC非扩增组中显着富集。此外，当比较MYC扩增组中的基因组谱和MYC非放大敏感组时，例如ADH1，CXCL11，SMOC1，IgLV/KV/HV，NLRP7和CAPN14在以前的前者中显着表达了显着过表达。另一方面，后者中过表达的基因是免疫球蛋白相关基因（IgLV，KV，HV）。我们目前正在努力解释这一结果。