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空間的遺伝子発現解析を用いた食道癌CRT抵抗性に関わる免疫微小環境の検討

利用空间基因表达分析检查与食管癌CRT耐药相关的免疫微环境

基本信息

批准号：
22K07774
负责人：
本村有史
金额：
$ 2.75万
依托单位：
Kyushu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K07774/
关键词：
CRT MYC増幅 Immune deconvolution IFN Visium 食道癌CRT抵抗性獲得機構クロストーク遺伝子

项目摘要

化学放射線治療（CRT）は進行食道癌に対する標準治療であるが、治療後の再発も多く予後不良である。我々は食道がんCRT抵抗性の獲得に関するゲノムレベルの進化を解明し、特に重要なゲノム変化としてMYC領域のコピー数増幅を報告した(Hirata H, Motomura Y. et al. Cancer Res, 2021)。しかしこれまでの解析ではCRT再発に関与するがん微小環境を勘案した機序解明はなされていない。われわれはVISIUM解析を実施する前に、まず最初に既存bulk検体のRNASeq解析のデータベースを用いてR PackageによるImmune deconvolution methodとMarker gene baseのmethodを使用し免疫細胞の分画を算出した。また、CRT治療前原発巣および抵抗性群間で免疫チェックポイント関連遺伝子群発現、制御性T細胞関連遺伝子群、免疫細胞浸潤(TGFβ・サイトカイン・ケモカイン等)関連遺伝子群を比較検討することで腫瘍免疫応答を総合的に評価し、CRT抵抗性/感受性との関連を検証した。その結果、どちらかに特異的な細胞はなく、有意な遺伝子も同定できなかった。次に解析パイプラインGenomon2を用いてマッピングしたRNASeqの発現データにおいて、Myc増幅の有無でGSEAを用いて解析した。その結果IFNα・γ反応性遺伝子群がMyc非増幅群に有意に濃縮していた。また、Myc増幅抵抗性群とMyc非増幅感受性群における遺伝子群プロファイルを比較したところADH1を筆頭にCXCL11、SMOC1、IGLV/KV/HV、NLRP7、CAPN14などの遺伝子が前者で有意に過剰発現していた。他方、後者で過剰発現していたのは免疫グロブリン関連遺伝子(IGLV,KV,HV)であった。現在、この結果に関する解釈を鋭意進めている。

Chemoradiotherapy (CRT) was used to treat esophageal cancer according to the standard of treatment. We learn how to improve the CRT resistance of the esophagus. It is very important to improve the understanding of the MYC field. The number of reports (Hirata H, Motomura Y. et al. Cancer Res, 2021). In order to understand the sequence of the investigation and investigation of the micro-environment, the sequence of the mechanism for the analysis of CRT and micro-environment is very important. The existing bulk, the RNASeq, the RNASeq, the Immune deconvolution method, the Marker gene base, the method, the immune cell, the cell, the method, the cell, the cell, the Marker gene base, the method, the Immune deconvolution method, the Marker gene base, the immune cell. Before the treatment of immune vaccine and CRT, the detection of immune antibody subgroup, defensive T cell subgroup, immune cell immersion subgroup (TGF β) and immune cell immersion subgroup (CRT resistance