空間的遺伝子発現解析を用いた食道癌CRT抵抗性に関わる免疫微小環境の検討

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化学放射線治療（CRT）は進行食道癌に対する標準治療であるが、治療後の再発も多く予後不良である。我々は食道がんCRT抵抗性の獲得に関するゲノムレベルの進化を解明し、特に重要なゲノム変化としてMYC領域のコピー数増幅を報告した(Hirata H, Motomura Y. et al. Cancer Res, 2021)。しかしこれまでの解析ではCRT再発に関与するがん微小環境を勘案した機序解明はなされていない。われわれはVISIUM解析を実施する前に、まず最初に既存bulk検体のRNASeq解析のデータベースを用いてR PackageによるImmune deconvolution methodとMarker gene baseのmethodを使用し免疫細胞の分画を算出した。また、CRT治療前原発巣および抵抗性群間で免疫チェックポイント関連遺伝子群発現、制御性T細胞関連遺伝子群、免疫細胞浸潤(TGFβ・サイトカイン・ケモカイン等)関連遺伝子群を比較検討することで腫瘍免疫応答を総合的に評価し、CRT抵抗性/感受性との関連を検証した。その結果、どちらかに特異的な細胞はなく、有意な遺伝子も同定できなかった。次に解析パイプラインGenomon2を用いてマッピングしたRNASeqの発現データにおいて、Myc増幅の有無でGSEAを用いて解析した。その結果IFNα・γ反応性遺伝子群がMyc非増幅群に有意に濃縮していた。また、Myc増幅 抵抗性群とMyc非増幅 感受性群における遺伝子群プロファイルを比較したところADH1を筆頭にCXCL11、SMOC1、IGLV/KV/HV、NLRP7、CAPN14などの遺伝子が前者で有意に過剰発現していた。他方、後者で過剰発現していたのは免疫グロブリン関連遺伝子(IGLV,KV,HV)であった。現在、この結果に関する解釈を鋭意進めている。