Construction of Pipeline for Integrated Metabolome Analyses of Kidney Disease

肾脏疾病综合代谢组分析流程的构建

• 批准号: 22K08317
• 负责人: 斎藤 輪太郎
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Keio University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K08317/
• 关键词: メタボローム; バイオインフォマティクス; ネットワーク; データ解析; システム生物学; ソフトウェア; 腎臓病

2022年度は「自前」で取得したデータを公共メタボロームデータと統合解析する手法(iDMETと命名)の開発に力を注いだ。メタボローム解析は今や世界中の研究機関で進められており、論文が掲載されているウェブサイトやMetaboLights、Metabolomics Workbench等のリポジトリに取得されたメタボロームデータが公開されている。これらのデータを統合的に利用すれば、個々のメタボローム測定だけでは見えてこなかった知見が得られる可能性がある。しかしながら、一般的に、メタボローム分析をするための装置や条件は研究機関毎に独自開発・設置・設定が進められ、測定対象となる代謝物質群の共通性は低く、また代謝物質の絶対定量値の統計的性質も大きく異なる。そして分析結果のうち、公開されているデータがしばしば限定されることもあり、従来は異なる研究機関より得られた複数のメタボロームデータを統合解析することは困難であった。iDMETは一つの研究機関より得られた2つの条件下における対となるメタボローム絶対定量値について、比を計算し、「相対値プロファイル」に変換することによって、研究機関の間の定量値の性質の相違を緩和する。また、複数のメタボロームデータを「表形式」で統合(マージ)するのではなく、相対値プロファイルのペアの集合としてネットワークを形成する。これにより、統合するメタボロームデータの由来となる研究機関の数が多くなると、共通して測定されている代謝物質の数が激減するという問題を回避する。実際に、iDMETは27個の論文・公共リポジトリのエントリーから得られた異質な癌メタボロームデータを統合し、PKI-587とM4Nという異なる2つの薬剤が実は同じ代謝経路を制御している可能性が示唆される等、今まで見えなかった生命現象間の相関が見えるようになった。

2022 は "from the former" で し た デ ー タ を public メ タ ボ ロ ー ム デ ー タ と integrative analytic す る technique (iDMET と) の open 発 に force を note い だ. メ タ ボ ロ ー ム parsing は machine in the world of today や の research masato で into め ら れ て お が り, paper first white jasmines load さ れ て い る ウ ェ ブ サ イ ト や MetaboLights, Metabolomics Workbench etc. の リ ポ ジ ト リ に obtain さ れ た メ タ ボ ロ ー ム デ ー タ が public さ れ て い る. こ れ ら の デ ー タ を integration に using す れ ば, a 々 の メ タ ボ ロ ー ム determination だ け で は see え て こ な か っ た knowledge が have ら れ る possibility が あ る. し か し な が ら, general に, メ タ ボ ロ ー ム analysis を す る た め の device は study machine masato や conditions in their に open 発 alone, Settings, set が into め ら れ, determination of seaborne と な る metabolic substances group の low convergence は く, ま た metabolic substances の unique quantitative numerical の statistical properties of the seaborne も big き く different な る. そ し て analysis results の う ち, publicly さ れ て い る デ ー タ が し ば し ば qualified さ れ る こ と も あ り, 従 to は different な る study machine masato よ り have ら れ た plural の メ タ ボ ロ ー ム デ ー タ を integrative analytic す る こ と は difficult で あ っ た. IDMET は a つ の study machine masato よ り have ら れ た 2 つ の conditions に お け る と seaborne な る メ タ ボ ロ ー ム unique quantitative numerical に seaborne つ い て, than を computing し, "numerical プ seaborne ロ フ ァ イ ル" に variations in す る こ と に よ っ て, study machine masato の の quantitative numerical の properties between の conceives を ease す る. ま た, plural の メ タ ボ ロ ー ム デ ー タ を "table form" で integration (マ ー ジ) す る の で は な く, phase numerical プ seaborne ロ フ ァ イ ル の ペ ア の collection と し て ネ ッ ト ワ ー ク を form す る. こ れ に よ り, integrative す る メ タ ボ ロ ー ム デ ー タ の origin と な る study machine masato の が much く な る と, common し て determination さ れ て い る metabolic substances の number が shock reduction す る と い う problem を avoid す る. Be interstate に, iDMET は 27 の paper, public リ ポ ジ ト リ の エ ン ト リ ー か ら have ら れ た heterogeneous な carcinoma メ タ ボ ロ ー ム デ ー タ を integration し, PKI - 587 と M4N と い う different な る 2 つ の 薬 tonic が be は with じ metabolic 経 road を suppression し て い が る possibility in stopping さ れ る etc, this ま で see え な か っ た life phenomenon の masato Youdaoplaceholder0 see えるようになった.

项目成果

大規模メタボロームデータに含まれる未知ピークの信頼性評価

大规模代谢组数据中未知峰的可靠性评估

• 发表时间: 2022
• 作者: 斎藤 輪太郎;杉本 昌弘;平山 明由;曽我 朋義;冨田 勝;武林 亨
• 通讯作者: 武林 亨