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Reverse Trans-Omics Analysis for Comprehensive Bottom-up Understanding Toward Conquering Cancer Systems

反向跨组学分析以全面自下而上地了解征服癌症系统

基本信息

批准号：
20H04282
负责人：
松井佑介
金额：
$ 10.98万
依托单位：
Nagoya University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20H04282/
关键词：
システム生物学プロテオゲノムプロテオスタシスバイオインフォマティクス計算生物学共発現解析ネットワーク解析生命情報学がん統計科学情報科学プロテオミクスコピュラプロテオゲノム解析パイプライン開発ワークフロー言語プロテオゲノミクスリバーストランスオミクス解析

项目摘要

本年度はがんのタンパク質恒常性に焦点を当てたプロテオスタシスモジュールに対するプロテオゲノム解析に関して結果を得た。独自に定義したプロテオスタシス遺伝子セットを手がかりにGenomic Data CommonsおよびProteomic Data Commonsからそれぞれ各腫瘍ごとのプロテオゲノムデータを取得し、プロテオスタシスの脱制御が攻撃的な腫瘍表現型にどのように関与するのかを詳細に分析した。本年度は腎癌を対象に解析を進めた。細胞外マトリックスおよび免疫細胞活性に対して特定のプロテオスタシス因子が強く関与し、それらは予後不良とも関与していることが明らかとなった。さらに、ネットワーク構造を分析したところ、腫瘍群では正常群と比較して、ネットワークエントロピーにおいて著しい変化が生じており、5共発現制御機構の破綻も関与していることが示唆された。また、ゲノム変異およびメチル化シグネチャおよび免疫スコアを用いたサブタイプとの関連も分析したところ、悪性度の高いサブタイプに対して同定したプロテオスタシスモジュールが相関することが明らかになった。これらの成果は次年度に論文成果として公表する予定である。

This year's はがんのタンパク mass constancy に focus を when てたプロテオスタシスモジュールにす seaborne るプロテオゲノム parsing に masato したをて results. に alone define したプロテオスタシス heritage 伝 son セットを hand がかりに Genomic Data Commons および Proteomic Data Commons からそれぞれ all swollen sores ごとのプロテオゲノムデータを obtain し, プロテオスタシスの suppression off が attack shock な swollen sores phenotype にどのように masato and するのかをに detailed analysis した. Analysis of を renal cancer cases に for this year を proceed to めた. Extracellular マトリックスおよび immune cell activity にし seaborne て specific のプロテオスタシス strong factor がく masato and しそれらは to bad after とも masato and していることが Ming らかとなった. さらに, ネットワーク analysis of tectonic をしたところ, swollen sores group ではと compare normal group して, ネットワークエントロピーにおいて in しい variations change が raw じており, 5 total 発 now royal institution flaw のも masato and していることが in stopping された. また, ゲノム - different およびメチル change シグネチャおよび immune スコアを with いたサブタイプとの masato even も analysis したところ, 悪 degree high のいサブタイプにし seaborne て with fixed したプロテオスタシスモジュールが phase masato することが Ming らかになった. The public table of the に paper achievements of the following year とてて has been approved as である.