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Reverse Trans-Omics Analysis for Comprehensive Bottom-up Understanding Toward Conquering Cancer Systems

反向跨组学分析以全面自下而上地了解征服癌症系统

基本信息

批准号：
20H04282
负责人：
松井佑介
金额：
$ 10.98万
依托单位：
Nagoya University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20H04282/
关键词：
システム生物学プロテオゲノムプロテオスタシスバイオインフォマティクス計算生物学共発現解析ネットワーク解析生命情報学がん統計科学情報科学プロテオミクスコピュラプロテオゲノム解析パイプライン開発ワークフロー言語プロテオゲノミクスリバーストランスオミクス解析

项目摘要

本年度はがんのタンパク質恒常性に焦点を当てたプロテオスタシスモジュールに対するプロテオゲノム解析に関して結果を得た。独自に定義したプロテオスタシス遺伝子セットを手がかりにGenomic Data CommonsおよびProteomic Data Commonsからそれぞれ各腫瘍ごとのプロテオゲノムデータを取得し、プロテオスタシスの脱制御が攻撃的な腫瘍表現型にどのように関与するのかを詳細に分析した。本年度は腎癌を対象に解析を進めた。細胞外マトリックスおよび免疫細胞活性に対して特定のプロテオスタシス因子が強く関与し、それらは予後不良とも関与していることが明らかとなった。さらに、ネットワーク構造を分析したところ、腫瘍群では正常群と比較して、ネットワークエントロピーにおいて著しい変化が生じており、5共発現制御機構の破綻も関与していることが示唆された。また、ゲノム変異およびメチル化シグネチャおよび免疫スコアを用いたサブタイプとの関連も分析したところ、悪性度の高いサブタイプに対して同定したプロテオスタシスモジュールが相関することが明らかになった。これらの成果は次年度に論文成果として公表する予定である。

This year, the focus on constancy is very important. This year, the results of the analysis of the results have been improved. By yourself, you can define the data in the table, the data in the table, the data in the Genomic Data Commons, the data in the Proteomic Data Commons, the acquisition and the analysis in the system. This year's cancer analysis is in progress. The cellular activity of the immune system was not detected in the extracellular domain. The specific antibody was detected in the cell. The factors were strong and negative. In this paper, the system is used for the analysis of the system, the system, the system and the system. The doctor said that he was not immune to the disease, and that he was not immune to the disease. He was told that he was not immune to the disease. The results of the next year, the results of the paper, the public table, the expected results.