Identification of structual variants abd neoantigens of renal cell carcinoma uising long-read sequence analysis
利用长读长序列分析鉴定肾细胞癌的结构变异和新抗原
基本信息
- 批准号:22K09488
- 负责人:
- 金额:$ 2.66万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- 财政年份:2022
- 资助国家:日本
- 起止时间:2022-04-01 至 2025-03-31
- 项目状态:未结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
我々は、従来の次世代シークエンサー(NGS)によるshort-read sequenceでは見逃されている大きな構造多型(Structural variant, SV)などのゲノム異常を新たに検出することで、治療標的の探索が可能になるという仮説のもと、ナノポアシークエンサーによるlong-read解析によってmRCCの薬物治療感受性や予後と相関するマーカーや治療標的としてのネオアンチゲンの同定を行うことを目的として研究を行った。1.5種のヒトRCC細胞株786O, 769P, ACHN, A498, Caki-1を対象に、GridIONを用いたlong-read解析を施行し、データの信頼性を確認するための準備として、RCC株を対象としてPacBio sequenceを用いた解析との比較検討を行い、データの互換性を検証した。この実験系では、第17番染色体上のBRCA1遺伝子の広範囲な遺伝子欠損を伴うSVを同定したが、本手法の客観性を確認できておらず、現在も検証を継続中である。2.RCC細胞株を用いたNGSによるshort-read解析を行ったところ、BRCA1遺伝子の欠失を示唆する所見は得られていない。3.Long-read解析の手法の合理性を確認するには時間を要する可能性があると考え、RCCの臨床検体FFPEを用いたDNA alterationの解析をNGSの手法で施行したところ、第5、7.12番染色体上の遺伝子のcopy number gainがチロシンキナーゼ阻害薬(TKI)に対する抵抗性に関連することが明らかになった。特に、第7番染色体のcopy number gainはmRCC患者のTKI治療後のPFS2の悪化と有意に相関することが示されており、現在論文作成中である。
NGS short-read sequence is a structural polymorphism.(Structural variant, SV) The long-read analysis of RCC's biological susceptibility to treatment and the identification of RCC's biological target 1.5 For RCC cell lines 786O, 769P, ACHN, A498, Caki-1, the preparation of long reads and the identification of interchangeability of RCC cell lines The BRCA1 gene on chromosome 17 was detected by PCR, and the PCR was detected by PCR. 2. RCC cell lines were used in NGS short-read analysis and BRCA1 gene analysis. 3. The rationality of the Long-read analysis method is confirmed, and the time is necessary. The possibility of the analysis of DNA alternation in clinical samples FFPE of RCC is examined. The NGS method is implemented. The copy number gain of the gene on chromosome 5 and 7.12 is related to the resistance of TKI. In particular, copy number gain on chromosome 7 is associated with PFS2 in patients with mRCC after TKI therapy.
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Comprehensive analysis of copy number variation and sensitivity to targeted therapy in renal cell carcinoma using in-house cancer gene panel testing
使用内部癌症基因组测试全面分析肾细胞癌的拷贝数变异和靶向治疗敏感性
- DOI:
- 发表时间:2023
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Nukaya Takuhisa;Sumitomo Makoto;Sugihara Eiji;Takeda Mayu;Nohara Sachio;Tanishima Shigeki;Takenaka Masashi;Zennami Kenji;Takahara Kiyoshi;Shiroki Ryoichi;Saya Hideyuki;Akihito Takeuchi
- 通讯作者:Akihito Takeuchi
Evaluation of copy number and allelic imbalance of BRCA2 by next-generation sequencing to predict prognosis and drug sensitivity in prostate cancer
通过新一代测序评估 BRCA2 的拷贝数和等位基因失衡,以预测前列腺癌的预后和药物敏感性
- DOI:
- 发表时间:2023
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Nukaya Takuhisa;Sumitomo Makoto;Sugihara Eiji;Takeda Mayu;Nohara Sachio;Tanishima Shigeki;Takenaka Masashi;Zennami Kenji;Takahara Kiyoshi;Shiroki Ryoichi;Saya Hideyuki;Akihito Takeuchi;Akihito Takeuchi;Makoto Sumitomo
- 通讯作者:Makoto Sumitomo
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- DOI:
- 发表时间:
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- DOI:
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- DOI:
- 发表时间:
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- 影响因子:0
- 作者:
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吉川和宏
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相似海外基金
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$ 2.66万 - 项目类别:
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- 批准号:
23K08160 - 财政年份:2023
- 资助金额:
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