Identification of structual variants abd neoantigens of renal cell carcinoma uising long-read sequence analysis

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我々は、従来の次世代シークエンサー（NGS）によるshort-read sequenceでは見逃されている大きな構造多型（Structural variant, SV）などのゲノム異常を新たに検出することで、治療標的の探索が可能になるという仮説のもと、ナノポアシークエンサーによるlong-read解析によってmRCCの薬物治療感受性や予後と相関するマーカーや治療標的としてのネオアンチゲンの同定を行うことを目的として研究を行った。1．5種のヒトRCC細胞株786O, 769P, ACHN, A498, Caki-1を対象に、GridIONを用いたlong-read解析を施行し、データの信頼性を確認するための準備として、RCC株を対象としてPacBio sequenceを用いた解析との比較検討を行い、データの互換性を検証した。この実験系では、第17番染色体上のBRCA1遺伝子の広範囲な遺伝子欠損を伴うSVを同定したが、本手法の客観性を確認できておらず、現在も検証を継続中である。2．RCC細胞株を用いたNGSによるshort-read解析を行ったところ、BRCA1遺伝子の欠失を示唆する所見は得られていない。3．Long-read解析の手法の合理性を確認するには時間を要する可能性があると考え、RCCの臨床検体FFPEを用いたDNA alterationの解析をNGSの手法で施行したところ、第5、7．12番染色体上の遺伝子のcopy number gainがチロシンキナーゼ阻害薬（TKI)に対する抵抗性に関連することが明らかになった。特に、第7番染色体のcopy number gainはmRCC患者のTKI治療後のPFS2の悪化と有意に相関することが示されており、現在論文作成中である。