絨毛性疾患と関連するcircularRNAの同定とその臨床的意義に関する研究

まずは、目的としていた絨毛性疾患を対象とする前に、胎盤に特異的なcircRNAを同定するため、データベース(circBase: http://www.circbase.org/))と論文検索を行った。Gongら(S Gong, et al. Nat Commun.2021 May 11;12(1):2639)は、302例の胎盤からtotalRNAを抽出し、RNA-seqによりサンプルの30％、90％から検出される3,279個、679個のcircRNAを同定した。胎盤サンプルの100％から検出されたcircRNA (POP100)は、230種類が同定された。circRNAのデータベース (circBase: http://www.circbase.org/)を参照した。Maassら(PG Maass, et al. J Mol Med. 2017 Nov;95(11):1179-1189)の先行研究をもとに、placentaのみに発現しているcircRNA 8種類を抽出した。deciduaのみは5種類、umbilical cordのみは4種類のcircRNAが存在した。これらの検索を元にベン図を作成し、胎盤のみに発現しているcircRNAを胎盤特異的circRNAの候補とし、RT-PCRを用いてこの結果が正しいかどうかを他の組織の発現と比較した。候補としたcircRNAは1種類あり、確かに妊娠初期、末期の絨毛組織で発現を認め、羊膜、臍帯、胎児脳、胎児腎、脱落膜では発現を認めないことを確認した。現在、妊婦の血液で検出可能かどうか、絨毛性疾患ではどのように発現が認められるのかを確認実験を進めているところである。

まずは、目的としていた絨毛性疾患を対象とする前に、胎盤に特異的なcircRNAを同定するため、データベース(circBase: http://www.circbase.org/))と論文検索を行った。Gongら(S Gong, et al. Nat Commun.2021 May 11;12(1):2639)は、302例の胎盤からtotalRNAを抽出し、RNA-seqによりサンプルの30％、90％から検出される3,279個、679個のcircRNAを同定した。胎盤サンプルの100％から検出されたcircRNA (POP100)は、230種類が同定された。circRNAのデータベース (circBase: http://www.circbase.org/)を参照した。Maassら(PG Maass, et al. J Mol Med. 2017 Nov;95(11):1179-1189)の先行研究をもとに、placentaのみに発現しているcircRNA 8種類を抽出した。deciduaのみは5種類、umbilical cordのみは4種類のcircRNAが存在した。これらの検索を元にベン図を作成し、胎盤のみに発現しているcircRNAを胎盤特異的circRNAの候補とし、RT-PCRを用いてこの結果が正しいかどうかを他の組織の発現と比較した。候補としたcircRNAは1種類あり、確かに妊娠初期、末期の絨毛組織で発現を認め、羊膜、臍帯、胎児脳、胎児腎、脱落膜では発現を認めないことを確認した。現在、妊婦の血液で検出可能かどうか、絨毛性疾患ではどのように発現が認められるのかを確認実験を進めているところである。