口腔がんにおける免疫環境構築機構の解明

口腔癌免疫环境构建机制的阐明

• 批准号: 22K09926
• 负责人: 毛利 安宏
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: The University of Tokushima
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K09926/
• 关键词: 口腔がん; 免疫; T細胞; 免疫環境; 免疫チェックポイント阻害療法; サイトカイン

これまで口腔がん組織における免疫細胞浸潤はがん組織のbulk RNAシークエンスデータを用いて、single sample gene set enrichment（ssGSEA）解析によって行われてきた。この手法では、既に報告されている各免疫細胞のマーカー遺伝子の発現値を基に浸潤度を計算する。しかし、マーカー遺伝子の選び方によって浸潤度計算の正確さが左右されるため、全ての免疫細胞の浸潤度が正確に計算されるとは限らない。このため、実際の口腔がん組織に浸潤している免疫細胞の遺伝子発現状態を反映する解析を行う必要がある。近年、がん組織の1細胞RNAシークエンスデータを事前情報として与えることによってbulk RNAシークエンスデータを簡便にdeconvolutionし、浸潤している各免疫細胞の割合を正確に算出する手法が報告された。またこの手法では、各免疫細胞の推定の遺伝子発現値も計算可能である。そこで、この手法を用いてTCGAが取得した514症例の口腔がんデータを用いてがん組織に浸潤する免疫細胞の割合を再検討した。その結果、これまでの検討と異なり、T細胞浸潤が患者予後と強く相関することが明らかとなった。このため、臨床応用の面からT細胞浸潤を規定する因子を同定することが重要と考えられ、本研究で用いる実験系を見直す必要があった。T細胞浸潤を詳細に検討するために、現在4NQO発がんモデルを作製している。このモデルは喫煙による発がんと類似しており、TP53遺伝子の変異を高頻度で引き起こす。我々の研究室では口腔がん症例において高頻度に変異を示すFAT1とCDKN2Aの変異マウスを保有しており、野生型に加え、これらのマウスの4NQOモデルも現在作製している。予備実験として4NQOで発生したがん組織に浸潤した免疫細胞をフローサイトメトリーで検討し、様々な免疫細胞が浸潤していることを確認した。

This is the case with oral tissue infiltration by immune cells, bulk RNA, and single sample gene set enrichment (ssGSEA) analysis. This method calculates the degree of infiltration based on the reported value of the mRNA of each immune cell. The correct calculation of the infiltration degree of all immune cells in the selection method of the immune cells is limited. This analysis is necessary to reflect the expression status of immune cells in the oral tissue infiltration. In recent years, a method for calculating the binding of immune cells by simple deconvolution and infiltration has been reported. The method is to calculate the possible value of the putative gene expression of each immune cell. TCGA was used in 514 cases of oral cavity infection and tissue infiltration. The results of the study were different, and T cell infiltration was strongly correlated with the outcome of the study. This study was conducted to evaluate the role of T cell infiltration in clinical practice. T-cell infiltration was investigated in detail, and now 4NQO was detected. The frequency of TP53 gene mutation is very high. In our laboratory, we have shown high frequency of changes in oral diseases. The changes in FAT1 and CDKN2A remain unchanged, wild types are added, and this 4NQO mouse is now produced. 4NQO was prepared to confirm the presence of immune cells in the tissue.