フェノタイピング可能なゲノムデータベースの開発と検証

表型基因组数据库的开发和验证

• 批准号: 26460855
• 负责人: 立川 察理
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: Tohoku University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2014
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2014-04-01 至 2015-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26460855/
• 关键词: バイオインフォマティクス; 分散処理

交付内定後より購入した文献にもとづいて、研究プロジェクトの基本的な技術的基盤についての調査を実施した。主な調査対象は、1) アラインメントなどの基本的なバイオインフォマティックスの基礎技術 2) MapReduce などの分散処理についての基本的知識 3) Hadoop や Spark による具体的な分散処理フレームワークである。この調査を参考にして、まず Smith-WatermanならびにNeedleman-Wunschのアラインメントアルゴリズムをプログラミング言語 scala で試験実装した。つぎに分散処理システム spark を本研究費をもちいて契約した Amazon EC2上のサーバーに試験的に導入することに成功した。しかしながら諸般の事情により、7月末日をもって東北大学を辞職するにいたった。以後、医師としての診療業務に携わり、研究機関には所属しないため、科研費にもとづく研究の継続が不可能となった。

After the delivery, it is necessary to enter the literature and study the basic technology of the basic technology. The main information is: 1) the basic technology of MapReduce communication is related to the basic knowledge of Hadoop and Spark communication. Please refer to the scala, Smith-Waterman the Needleman-Wunsch and install the equipment. The purpose of this study is to analyze the effects of dispersion and spark on the success of the Amazon EC2. At the end of July, I would like to say goodbye to Peking University, and I would like to hear from Beijing University. In the future, it is impossible for the medical staff to carry the medical staff, the research institutes to which the research institutes belong, and the scientific research institutes to be successful.