リボソーム遺伝子に基づくブドウ球菌の系統分類16SrRNA遺伝子配列による

基于16S rRNA基因序列的核糖体基因的葡萄球菌系统发育分类

基本信息

  • 批准号:
    08760281
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 0.64万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
  • 财政年份:
    1996
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    1996 至 无数据
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

ブドウ球菌は家畜の化膿性炎性疾患や食中毒の原因として重要視されている.しかしその分類は,新菌種の提唱があいつぐなど混乱しているため,菌種の同定は困難である場合が多い.本研究ではできるだけ多数のブドウ球菌の16SrRNA遺伝子配列を決定し,進化を加味した系統分類学的解析を行って,遺伝子配列に基づく菌種同定に有用な配列を探索した.実際に配列を決定したのは3亜種を含む16菌種で,DNAデータベースから入手した.7菌種の配列とともに比較解析を行った.その結果,ブドウ球菌菌種間における類似度がもっとも低いStaphylococcus caseolyticus(95.4%以下)を除けば,種間の遺伝的まとまりが高いことが示された.菌種や菌群に保存されていると考えられる特徴的な配列は,塩基部位50から300までの領域で認められ,この配列に基づいて25株の動物症例由来ブドウ球菌分離株の同定を試みたところ,菌種レベルまで詳細に判定することできた.解析した23種のブドウ球菌は近隣接合法による系統樹に基づき,上記のS.caseolyticusの他にS.simulans,S.sciuri,S.auricuralis,S.hyicus,S.saprophyticus,S.haemolyticus,S.warneri,EpidermidisとS.aureusの計10個の菌種群に分類できた.これらのグループのうちS.hyicus,S.epidermidisそしてS.aureus群に含まれる細菌は,それぞれの群内で16SrRNA遺伝子配列の進化距離が極めて小さく,さらに詳細な解析が必要であることが判明した.現在,ブドウ球菌属の残る13種について同様の解析をすすめているが,16S-23Sスペーサー領域のような変異度の高い配列についての比較解析も計画している.なお,本研究で決定した塩基配列はすべてDNA Database of Japanに登録されている.
It is important to consider the causes of pyogenic inflammatory disease and food poisoning in livestock. The classification of new species is confusing, and the identification of new species is difficult. In this study, we determined the 16S rRNA gene alignment of most of the isolates, analyzed their evolution and phylogenetic analysis, and explored their gene alignment, basic species identification, and useful gene alignment. In fact, the sequence of 3 species was determined, including 16 species,DNA sequence was determined, and the sequence of 7 species was analyzed. The results showed that the similarity among the species of Staphylococcus caseolyticus was lower than 95.4%, and the similarity among the species was higher than 95.4%. The species and flora were preserved in the medium and examined for their characteristics. The base position was 50 to 300. The field was identified. The base position was identified in 25 animal cases. The origin of the isolates was identified. The species and flora were identified in detail. A total of 23 species of S.caseolyticus and 10 other species of S.simulans,S.sciuri,S.auricuralis,S.hyicus,S.saprophyticus,S.haemolyticus, S.warneri,Epidermidis and S. aurous were analyzed. S.hyicus,S.epidermidis, S.aureus, S.aureus, S. aureus At present, there are 13 species of the genus P., 16S-23S, 16S-23S 23S 2 This study determined that the DNA sequence was registered in the DNA Database of Japan.

项目成果

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