Pedigree reconstruction from SNP data reveals causes and consequences of life-history variation in a salmonid fish population

生活史多様性は、集団の長期的な安定性や環境変化への適応能力を高めることが明らかにされており、野生生物の集団動態を理解・予測する上で鍵となる。しかし、先行研究では、生活史多様性が自然環境の中でどのように生み出され、それが集団の安定性につながっているのかという全体像の解明には至っていない。本研究では、野生のアマゴ個体群を用いて、大規模な餌操作実験と網羅的な家系分析を融合するアプローチにより、自然界で一般的に見られる” 生態系間の餌資源補償”が、野生生物の生活史多様性の創出・維持に寄与し、そして異なる生活史間で繁殖成功を補償し合うことで個体群の安定性につながっている、という一連の仕組みを明らかにする。まずは、複雑な繁殖生態をもつアマゴ個体群で、ゲノムワイドな一塩基多型（SNPs）データに基づく家系分析が実現できるかをシミュレーションにより検証した。その結果、（1）コールレートが高く、マイナーアリル頻度の高いSNPセットが正確な家系分析に必要であること、（2）200以上のインフォマティブなSNPsを使用することで正確な親子判別が可能であることを明らかにした。さらに、アマゴの新規ゲノム解読のためのデータを取得し、ゲノムアセンブルも同時並行で進めている。ゲノム解読が成功すれば、より多くのインフォマティブな　SNPsを取得できるようになり、次年度に予定しているアマゴに特異的なSNPパネルの開発にもつながる。

生活史多様性は、集団の長期的な安定性や環境変化への適応能力を高めることが明らかにされており、野生生物の集団動態を理解・予測する上で鍵となる。しかし、先行研究では、生活史多様性が自然環境の中でどのように生み出され、それが集団の安定性につながっているのかという全体像の解明には至っていない。本研究では、野生のアマゴ個体群を用いて、大規模な餌操作実験と網羅的な家系分析を融合するアプローチにより、自然界で一般的に見られる” 生態系間の餌資源補償”が、野生生物の生活史多様性の創出・維持に寄与し、そして異なる生活史間で繁殖成功を補償し合うことで個体群の安定性につながっている、という一連の仕組みを明らかにする。まずは、複雑な繁殖生態をもつアマゴ個体群で、ゲノムワイドな一塩基多型（SNPs）データに基づく家系分析が実現できるかをシミュレーションにより検証した。その結果、（1）コールレートが高く、マイナーアリル頻度の高いSNPセットが正確な家系分析に必要であること、（2）200以上のインフォマティブなSNPsを使用することで正確な親子判別が可能であることを明らかにした。さらに、アマゴの新規ゲノム解読のためのデータを取得し、ゲノムアセンブルも同時並行で進めている。ゲノム解読が成功すれば、より多くのインフォマティブな　SNPsを取得できるようになり、次年度に予定しているアマゴに特異的なSNPパネルの開発にもつながる。