Pedigree reconstruction from SNP data reveals causes and consequences of life-history variation in a salmonid fish population

SNP 数据的谱系重建揭示了鲑鱼种群生活史变异的原因和后果

基本信息

  • 批准号:
    22KJ1954
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 1.6万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
  • 财政年份:
    2023
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2023-03-08 至 2025-03-31
  • 项目状态:
    未结题

项目摘要

生活史多様性は、集団の長期的な安定性や環境変化への適応能力を高めることが明らかにされており、野生生物の集団動態を理解・予測する上で鍵となる。しかし、先行研究では、生活史多様性が自然環境の中でどのように生み出され、それが集団の安定性につながっているのかという全体像の解明には至っていない。本研究では、野生のアマゴ個体群を用いて、大規模な餌操作実験と網羅的な家系分析を融合するアプローチにより、自然界で一般的に見られる” 生態系間の餌資源補償”が、野生生物の生活史多様性の創出・維持に寄与し、そして異なる生活史間で繁殖成功を補償し合うことで個体群の安定性につながっている、という一連の仕組みを明らかにする。まずは、複雑な繁殖生態をもつアマゴ個体群で、ゲノムワイドな一塩基多型(SNPs)データに基づく家系分析が実現できるかをシミュレーションにより検証した。その結果、(1)コールレートが高く、マイナーアリル頻度の高いSNPセットが正確な家系分析に必要であること、(2)200以上のインフォマティブなSNPsを使用することで正確な親子判別が可能であることを明らかにした。さらに、アマゴの新規ゲノム解読のためのデータを取得し、ゲノムアセンブルも同時並行で進めている。ゲノム解読が成功すれば、より多くのインフォマティブな SNPsを取得できるようになり、次年度に予定しているアマゴに特異的なSNPパネルの開発にもつながる。
Life more than others in は, set 団 の な stability や environmental variations of long-term へ の optimum 応 ability を high め る こ と が Ming ら か に さ れ て お り, wildlife の set 団 dynamic を understanding, be す る で on key と な る. し か し, leading research で は, life history many others in the natural environment が の で ど の よ う に raw み out さ れ, そ れ が set 団 の stability に つ な が っ て い る の か と い う all like の interpret に は to っ て い な い. This study で は, wild の ア マ ゴ を individual group with い て, large-scale な operation be bait 験 と snare of な pedigree analysis を fusion す る ア プ ロ ー チ に よ り, nature で general に see ら れ る" Ecosystem between の resource compensation "が bait, wildlife の life cycle multiple others の makes maintaining に send and し, そ し て different な る life cycle between で reproductive success を compensation し close う こ と で individual group of の stability に つ な が っ て い る, と い う for の blackstone group み を Ming ら か に す る. ま ず は, complex 雑 な reproductive ecology を も つ ア マ ゴ individual group で, ゲ ノ ム ワ イ ド な a salt Quito type (SNPs) デ ー タ に base づ く pedigree analysis が be presently で き る か を シ ミ ュ レ ー シ ョ ン に よ り 検 card し た. そ の results, (1) コ ー ル レ ー ト が く, マ イ ナ ー ア リ ル high frequency の い SNP セ ッ ト が な right pedigree analysis に necessary で あ る こ と, (2) more than 200 の イ ン フ ォ マ テ ィ ブ な SNPs を use す る こ と で な parent-child discriminant が properly can で あ る こ と を Ming ら か に し た. さ ら に, ア マ ゴ の new rules ゲ ノ ム solution 読 の た め の デ ー タ を obtain し, ゲ ノ ム ア セ ン ブ ル も in parallel で into め て い る. ゲ ノ ム solution 読 が successful す れ ば, よ り more く の イ ン フ ォ マ テ ィ ブ な SNPs を obtain で き る よ う に な り, annual に designated し て い る ア マ ゴ に specific な SNP パ ネ ル の open 発 に も つ な が る.

项目成果

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野田 祥平其他文献

ゲノムワイドSNPを用いた家系解析手法の確立とアマゴ野生集団への適用
全基因组SNP谱系分析方法的建立及其在野生阿玛戈种群中的应用
  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    野田 祥平;秋田 鉄也;武島 弘彦;佐藤 拓哉
  • 通讯作者:
    佐藤 拓哉
近親標識法による集団間の移動個体数推定
使用亲属标记方法估计在种群之间移动的个体数量
  • DOI:
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    野田 祥平;秋田 鉄也;武島 弘彦;佐藤 拓哉;秋田 鉄也
  • 通讯作者:
    秋田 鉄也

野田 祥平的其他文献

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相似海外基金

サケ科魚類の生活史多様性と資源変動―極端気象への適応策の構築
鲑鱼的生活史多样性和资源波动:制定极端天气的适应措施
  • 批准号:
    24K01833
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 1.6万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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