A phylogenomic approach to reveal the explosive adaptive radiation of wood Sonchus in Canaries
用系统发育学方法揭示加那利群岛木桑属植物的爆炸性适应性辐射
基本信息
- 批准号:22KF0187
- 负责人:
- 金额:$ 1.47万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
- 财政年份:2023
- 资助国家:日本
- 起止时间:2023-03-08 至 2024-03-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
本研究では、海洋島における植物の適応放散過程を系統ゲノミクスにより明らかにする。適応放散的種分化は、非常に短いタイムスケールで進行するため、適応放散した種間の遺伝的差異のうち系統的シグナルを持ったものは僅かである。そのため、従来の方法ではこの僅かな差異を捉えることが困難で、適応放散過程の詳細を明らかにすることはできなかった。加えて、種分化前後の分集団-種間の遺伝子流動の存在も系統情報をあいまいにする要因となり得ると予測される。そこで本研究では、葉緑体DNAの全長塩基配列解析とゲノムワイドな一塩基多型解析を組み合わせることで、カナリア諸島で大規模な適応放散を遂げた広義ノゲシ属の進化過程を明らかにすることを目的とする。葉緑体ゲノム系統樹と核ゲノム系統樹の比較解析により、過去の遺伝子流動を含めた種間の分岐過程を解明する。2022年度はカナリア諸島のノゲシ属の固有種全30種を含む37サンプルについて、ショットガンシーケンス法による塩基配列の決定を行った。塩基配列データの中から葉緑体DNAの全塩基配列を抽出し、それに基づく系統樹を構築した。その結果、カナリア諸島のノゲシ属には4つの系統が存在することが明らかとなった。葉緑体DNAの全塩基配列を決定することで、高解像度の系統樹を得ることができ、本植物群の進化過程に関する議論が可能となった。本研究の成果をもとに、日本植物学会および韓国生物学会の口頭発表を行った。
本研究では、海洋島における植物の適応放散過程を系統ゲノミクスにより明らかにする。適応放散的種分化は、非常に短いタイムスケールで進行するため、適応放散した種間の遺伝的差異のうち系統的シグナルを持ったものは僅かである。そのため、従来の方法ではこの僅かな差異を捉えることが困難で、適応放散過程の詳細を明らかにすることはできなかった。添加规范,分散化前收集收集样本-收集样本的子流中存在的系统故障情况,应给予适当的处理,以避免因征用而导致的纠纷。本研究将核酸分子DNA全序列配位解析为一种新型的核酸分子配位解析方法,并将其应用于大规模的DNA聚合反应中。葉緑体ゲノム系統樹と核ゲノム系統樹の比較解析により、過去の遺伝子流動を含めた種間の分岐過程を解明する。2022年度はカナリア諸島のノゲシ属の固有種全30種を含む37サンプルについて、ショットガンシーケンス法による塩基配列の決定を行った。jv基配列中的核糖体DNA完全jv基配列提取出来,将核糖体基配列中的核糖体DNA提取出来。その結果、カナリア諸島のノゲシ属には4つの系統が存在することが明らかとなった。植物体DNA全JV基配列确定后,高解像度染色体组获得了稳定的DNA,本植物群的扩增过程中,DNA的扩增产物可能会发生突变。本研究の成果をもとに、日本植物学会および韓国生物学会の口頭発表を行った。
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Complete Plastome Sequences Shed New Light into Phylogenetic Relationships of the Woody Sonchus Alliance (Asteraceae) in the Macaronesian Islands
完整的质体序列为马卡罗尼西亚群岛木本桑属植物联盟(菊科)的系统发育关系提供了新的线索
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Seon-Hee Kim;Arnoldo Santos-Guerra;Koji Takayama;and Seung-Chul Kim
- 通讯作者:and Seung-Chul Kim
Plastome phylogenomics of the woody Sonchus alliance (Asteraceae) in the Macaronesian Islands
马卡罗尼西亚群岛木本桑葚联盟(菊科)的质体系统发育学
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Seon-Hee Kim;Arnoldo Santos-Guerra;Koji Takayama;Seung-Chul Kim
- 通讯作者:Seung-Chul Kim
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