ゲノム情報から見る日本産モグラ科哺乳類の集団形成史と分類学的再検討

从基因组信息看日本鼹鼠科哺乳动物的种群史和分类学复查

• 批准号: 22KJ0137
• 负责人: 角井 建
• 金额: $ 1.54万
• 依托单位: Hokkaido University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2023
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2023-03-08 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22KJ0137/
• 关键词: 系統地理; 地下性哺乳類; 全ゲノム; 第四紀; デモグラフィー

日本産モグラ科哺乳類を対象に、リファレンスゲノムを作成してその遺伝的な研究基盤を築き（計画1）、集団ゲノミクス解析によって第四紀環境変動や種間競争が集団形成に与えた影響を解明し、日本の哺乳類の系統地理における一つの指標とする（計画2）。またモグラ類の地下適応に関連する遺伝子を探索・解析する（計画3）。計画1および計画2について、2022年6月に10x Linked ReadsおよびOmni-C技術によるコウベモグラの全ゲノム解析をおこない、便宜的なリファレンス配列とした。MIG-seqで取得したリードデータをマッピングすることでリファレンス配列を用いない解析に比べて3倍近いSNPデータを取得することが可能となった。得られたSNPデータをもとにアズマモグラとコウベモグラ集団の遺伝的構造、および集団ごとの分岐シナリオ・分岐年代の推定をおこなった。その結果、mtDNAを用いた先行研究とは一部異なる集団構造が存在することが示され、両種の分岐シナリオに新たな知見を供することとなった。また、分岐年代に関しては先行研究とも一致する結果が得られ、アズマモグラ集団の分断化、コウベモグラの日本列島への移入などの集団分岐と地理的イベントの関連性を見出すに至った。この成果は現在論文として執筆中である。これは日本と大陸を繋ぐ陸橋が形成された時期を考察するうえで重要な情報となり得、他の哺乳類にも影響を与えたと考えられる。また、隠岐の島島後卯敷地区にて未発見のアズマモグラの集団を発見し、これを短報の形で報告した。計画3について、全ゲノム解析とともにおこなったRNA-seqをもとにした遺伝子アノテーションとリファレンス作成を報告する論文の執筆計画が進行中である。

A study base for the establishment of genetic diversity in mammals of Japanese origin (Project 1), an analysis of population diversity in Quaternary environment and an explanation of the effects of interspecific competition on population formation and diversity, and an indicator for the phylogenetic development of mammals of Japanese origin (Project 2). The genetic analysis of the underground adaptation of the species (Project 3) Project 1 and Project 2 were launched in June 2022 with 10x Linked Readings and Omni-C technology. MIG-seq is 3 times closer than SNP. The structure, divergence, and age of the cluster are estimated. The results of previous studies on mtDNA use show that some of the structures in the cluster exist, and some of the structures in the cluster are new. The results of previous research on the relationship between migration and geographical diversity of Japanese islands show that the relationship between migration and geographical diversity of Japanese islands is consistent. The results of this paper are now in writing. The important information and the influence of other mammals on the formation of the bridge between Japan and the mainland The report was made in the form of a short report on the discovery of a group of missing persons in the area behind the island of Kiki. Project 3 is in progress for the preparation of a comprehensive RNA-seq analysis report.

项目成果

未確認のアズマモグラの生息地を発見～西日本に新たな飛び地があることが判明～

发现东鼹的不明栖息地～日本西部发现新飞地～

First record for the lesser Japanese mole <i>Mogera imaizumii</i> (Soricomorpha, Talpidae) from Dogo, Oki Islands, Japan

日本隐岐群岛道后首次记录日本小鼹鼠<i>Mogera imaizumii</i>（Soricomorpha，Talpidae）

• DOI: 10.11238/mammalianscience.63.63
• 发表时间: 2023
• 期刊: Honyurui Kagaku (Mammalian Science)
• 作者: Takeru Tsunoi;Masashi Harada;Masaru Notsu;Reiko Mitsuhashi;and Hitoshi Suzuki
• 通讯作者: and Hitoshi Suzuki

縮約ゲノム解析による日本産モグラ類（Mogera imaizumii, Mogera wogura）の系統地理学的解析

使用简化基因组分析对日本鼹鼠（Mogera imaizumii、Mogera wogura）进行系统发育地理学分析

• 发表时间: 2022
• 作者: 角井建;木下豪太;原田正史;佐藤淳;郷康広;辰本将司;三橋れい子;鈴木仁;長田直樹
• 通讯作者: 長田直樹