HLA-DQalpha Typing by in situ PCR
通过原位 PCR 进行 HLA-DQalpha 分型
基本信息
- 批准号:09670443
- 负责人:
- 金额:$ 2.05万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- 财政年份:1997
- 资助国家:日本
- 起止时间:1997 至 1998
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
In situ PCR requires pre-treatment of samples in order to get penetration of the PCR components into the cells and allow the target sequences to be accessed for amplification. The permeabilization must be carefully controlled so that tissue morphology is maintained and the larger amplicons do not diffuse out. The most popular pre-treatment with proteinase K depends on the type of specimen and the fixation method. We explored for simple and reproducible pre-treatment without enzyme digestion.We used buccal cells as a model and amplified the DYS389II locus on the Y chromosome. After washing buccal swabs with distilled water and boiling them on a waterbath for 5 min., we amplified the locus with biotin-labeled primers in a microtube. We detected PCR products with alkaline phosphatase-conjugated streptavidin. Alternatively, we used formalin-fixed buccal cells.In male samples, we were able to detect typical positive cells whose nuclei were strongly stained. However, the cytoplasm of some cells was also stained. On the other hand, female samples showed no positive signal. Cells fixed with formalin gave similar results. These findings indicate that fixation/disruption by boiling is effective as pre-treatment for in situ PCR.We have spent most of the time for preliminary experiments. Although we were not able to achieve the original purpose, HLA-DQ alpha typing by an situ PCR, we successfully simplified pre-treatment of samples in a decisive manner. After the term of the project, we will make, an effort to develop HLA-DQ alpha typing by in situ PCR.
原位PCR需要对样品进行预处理,以使PCR组分渗透到细胞中,并允许靶序列进入以进行扩增。必须仔细控制透化,以保持组织形态,并且较大的扩增子不会扩散出来。最常用的蛋白酶K预处理取决于标本的类型和固定方法。本研究探索了一种简便、重复性好的前处理方法,即不使用酶消化,以口腔黏膜细胞为模型,扩增Y染色体上的DYS 389 Ⅱ位点。用蒸馏水清洗口腔拭子并在水浴上煮沸5分钟后,我们在微管中用生物素标记的引物扩增该位点。我们用碱性磷酸酶结合的链霉亲和素检测PCR产物。另外,我们使用福尔马林固定的颊上皮细胞,在男性样本中,我们能够检测到典型的阳性细胞,其细胞核被强烈染色。然而,一些细胞的细胞质也被染色。另一方面,女性样本未显示阳性信号。用福尔马林固定的细胞得到类似的结果。这些发现表明煮沸固定/破坏作为原位PCR的预处理是有效的。虽然我们无法实现最初的目的,即通过原位PCR进行HLA-DQ α分型,但我们成功地以决定性的方式简化了样品的预处理。本研究期结束后,我们将致力于发展HLA-DQ α原位PCR分型技术。
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
岸田哲子: "In situ PCRの法医学的応用(予報)" DNA多型. 6. 198-199 (1998)
Tetsuko Kishida:“原位 PCR 的法医应用(预测)”DNA 多态性 6. 198-199 (1998)。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
岸 田 哲 子: "In situ PCRの法医学的応用(予報)" DNA多型. 5(印刷中). (1998)
Tetsuko Kishida:“原位 PCR 的法医应用(预测)”DNA 多态性 5(出版中)。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
Kishida, T.: "Forensic Application of in situ PCR : Preliminary Report." DNA Polymorphisms. 6. 198-199 (1998)
Kishida, T.:“原位 PCR 的法医应用:初步报告。”
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- 发表时间:
- 期刊:
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- 作者:
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- 批准号:
9369389 - 财政年份:2016
- 资助金额:
$ 2.05万 - 项目类别: