円錐交差構造と機械学習を用いた無輻射失活経路予測に基づく蛍光分子骨格の理論設計
円錐交差構造と機械学習を用いた無輻射失活経路予測に基づく蛍光分子骨格の理論設計
批准号:
22K19002
负责人:
原渕 祐
金额:
$4.16万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
财政年份:
2022
资助国家:
日本
项目状态:
未结题
起止时间:
2022-06-30 至 2025-03-31
中文摘要
2022年度は、円錐交差探索に基づく反応機構解析とデータ収集、機械学習手法の導入、3次元分子構造生成プログラムの整備において進捗があった。円錐交差探索計算の応用としては、以前の研究で発表した時間依存密度汎関数理論(TDDFT)に基づく円錐交差探索法であるエネルギーシフト/勾配射影/TDDFT/single component-artificial force induced reaction (ES/TDDFT/GP/SC-AFIR)法を用い、近年注目されている分子骨格の円錐交差構造を探索し、光励起後の分子の無輻射失活機構を議論した。さらに、実験グループと協力し、実験的に得られた結果に対する説明を与えた。これらの成果は、投稿準備段階である。研究代表者は、以前の取り組みで、機械学習ライブラリと分子記述子を用いた機械学習により、円錐交差エネルギーの定性的評価が可能であることを確認した。一方で、データ量の増加に伴い、訓練に要する演算コストが問題となってきた。そこで、2022年度には、GPUを用いて高速に訓練可能な方法を研究に導入し、効率化を図った。今後、予測精度についても検討していく。また、分子骨格のスクリーニングに向けて、単純な入力で分子の3次元構造を生成し、分子構造の最適化、無輻射失活経路の探索を適用するプログラムの整備を進めた。2022年度までに、ある特定の骨格を入力として分子の置換構造を系統的に得る方法に加え、異なる分子骨格を生成する方法を導入し、得られた構造に対する量子化学計算の適用が可能になった。さらに、Unixにおけるテキストベースの計算結果に対して、科学者が容易に計算結果を解析できる可視化システムの開発に着手した。実際の分子設計では、実験研究者との情報の共有が必要不可欠であるため、今後も開発を継続する。
英文摘要
2022年度は、円錐交差探索に基づく反応機構解析とデータ収集、機械学習手法の導入、3次元分子構造生成プログラムの整備において進捗があった。円錐交差探索計算の応用としては、以前の研究で発表した時間依存密度汎関数理論(TDDFT)に基づく円錐交差探索法であるエネルギーシフト/勾配射影/TDDFT/single component-artificial force induced reaction (ES/TDDFT/GP/SC-AFIR)法を用い、近年注目されている分子骨格の円錐交差構造を探索し、光励起後の分子の無輻射失活機構を議論した。さらに、実験グループと協力し、実験的に得られた結果に対する説明を与えた。これらの成果は、投稿準備段階である。研究代表者は、以前の取り組みで、機械学習ライブラリと分子記述子を用いた機械学習により、円錐交差エネルギーの定性的評価が可能であることを確認した。一方で、データ量の増加に伴い、訓練に要する演算コストが問題となってきた。そこで、2022年度には、GPUを用いて高速に訓練可能な方法を研究に導入し、効率化を図った。今後、予測精度についても検討していく。また、分子骨格のスクリーニングに向けて、単純な入力で分子の3次元構造を生成し、分子構造の最適化、無輻射失活経路の探索を適用するプログラムの整備を進めた。2022年度までに、ある特定の骨格を入力として分子の置換構造を系統的に得る方法に加え、異なる分子骨格を生成する方法を導入し、得られた構造に対する量子化学計算の適用が可能になった。さらに、Unixにおけるテキストベースの計算結果に対して、科学者が容易に計算結果を解析できる可視化システムの開発に着手した。実際の分子設計では、実験研究者との情報の共有が必要不可欠であるため、今後も開発を継続する。
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会议论文
量子化学計算に基づく光電子移動と水素原子移動を含む反応サイクル全貌解明と触媒設計
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批准号:23K26647
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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资助金额:$10.23万
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财政年份:2024
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负责人:原渕 祐
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依托单位:
量子化学計算に基づく光電子移動と水素原子移動を含む反応サイクル全貌解明と触媒設計
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批准号:23H01954
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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资助金额:$11.81万
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财政年份:2023
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负责人:原渕 祐
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依托单位:
実在環境を考慮した励起状態動力学計算によるDNA二重らせん構造の光安定性の解明
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批准号:12J01535
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项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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资助金额:$1.15万
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财政年份:2012
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负责人:原渕 祐
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依托单位:
海外基金