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Establishing the methods to re-develop B-chromosome biology

建立重新开发 B 染色体生物学的方法

基本信息

批准号：
22K19349
负责人：
野澤昌文
金额：
$ 4.16万
依托单位：
Tokyo Metropolitan University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-06-30 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

本年度はB染色体を持つDrosophila asahinai（アサヒナショウジョウバエ、以降アサヒナ）のB染色体配列の決定を目指して研究を進めた。まず、ロングリードシーケンサーであるOxford NanoPore MinIONとショートリードシーケンサーであるIllumina HiSeq Xを併用して、B染色体を持つ系統とB染色体を持たない系統のメスゲノム配列を決定した。この2つのゲノム配列を比較し、B染色体を持つ系統にしか存在しない配列約950 kbをB染色体配列として同定した。次に、B染色体上に存在する遺伝子の有無を明らかにするため、B染色体を持つ系統と持たない系統の幼虫、蛹、成虫の雌雄、および精巣、卵巣のRNA-seqを行った。その結果、候補B染色体上に25個の発現遺伝子を同定した。この中には、オス特異的な発現を示す遺伝子も見つかった。さらに、アサヒナのB染色体の起源についての糸口を探るべく研究を進めた。D. melanogaster（キイロショウジョウバエ）では、Y染色体がB染色体を起源とする可能性が提唱されている。そこで、B染色体とY染色体の進化的関連を検証することを目的にB染色体を持たないオスとメスのゲノム配列を決定・比較し、オスにしか存在しない約675 kbの配列を候補Y染色体配列として同定した。現在、相同性検索やシミュレーションを用いて、候補Y染色体配列と候補B染色体配列の進化的関連性を調べている。

This year, the study on the determination of B chromosome alignment in Drosophila asahinai was carried out. Oxford NanoPore MinION and Illumina HiSeq X are used together to determine the alignment of B chromosomes. The B chromosome alignment system exists at approximately 950 kb. The presence or absence of a gene on the secondary and B chromosomes may be related to the RNA-seq of larvae, pupae, adults, sperm and eggs in the B chromosome system. The results showed that 25 genes were found on candidate B chromosomes. This is the first time that a person has ever seen such a thing. The origin of the B chromosome has been studied in detail. D. melanogaster ( The relationship between B chromosome and Y chromosome evolution was demonstrated. The alignment of B chromosome and Y chromosome was determined by comparison. The alignment of Y chromosome candidate was determined by comparison. Now, the identity of the candidate Y chromosome alignment and the candidate B chromosome alignment are used to adjust the relationship between the evolution of the candidate Y chromosome and the candidate B chromosome.