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Establishing the methods to re-develop B-chromosome biology

建立重新开发 B 染色体生物学的方法

基本信息

批准号：
22K19349
负责人：
野澤昌文
金额：
$ 4.16万
依托单位：
Tokyo Metropolitan University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-06-30 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

本年度はB染色体を持つDrosophila asahinai（アサヒナショウジョウバエ、以降アサヒナ）のB染色体配列の決定を目指して研究を進めた。まず、ロングリードシーケンサーであるOxford NanoPore MinIONとショートリードシーケンサーであるIllumina HiSeq Xを併用して、B染色体を持つ系統とB染色体を持たない系統のメスゲノム配列を決定した。この2つのゲノム配列を比較し、B染色体を持つ系統にしか存在しない配列約950 kbをB染色体配列として同定した。次に、B染色体上に存在する遺伝子の有無を明らかにするため、B染色体を持つ系統と持たない系統の幼虫、蛹、成虫の雌雄、および精巣、卵巣のRNA-seqを行った。その結果、候補B染色体上に25個の発現遺伝子を同定した。この中には、オス特異的な発現を示す遺伝子も見つかった。さらに、アサヒナのB染色体の起源についての糸口を探るべく研究を進めた。D. melanogaster（キイロショウジョウバエ）では、Y染色体がB染色体を起源とする可能性が提唱されている。そこで、B染色体とY染色体の進化的関連を検証することを目的にB染色体を持たないオスとメスのゲノム配列を決定・比較し、オスにしか存在しない約675 kbの配列を候補Y染色体配列として同定した。現在、相同性検索やシミュレーションを用いて、候補Y染色体配列と候補B染色体配列の進化的関連性を調べている。

This year, the determination of the B chromosome alignment of Drosophila asahinai (アサヒナショウジョウバエ, henceforth) was carried out. Illumina HiSeqこの2つのゲノムalignment comparisonし、B chromosome をholding system にしかexistenceしないalignment about 950 kbをB chromosome alignment として同定した. Second time, there is no presence or absence on the B chromosome, and there is no system on the B chromosome. The larvae, pupae, and adults of the larvae, pupae, and adult worms, sperm and eggs of the system are maintained and RNA-seq is performed. As a result, the 25 genes on the candidate B chromosome were found to be the same.この中には, オス's special な発appears をshows the remaining 伝子も见つかった.さらに、アサヒナのB chromosome's origin についての糸口をExploration るべく Research を入めた. D. melanogaster（キイロショウジョウバエ）では、Y chromosomeがB chromosomeをoriginとするpossibilityが提歌されている.そこで、The relationship between the evolution of B chromosome and Y chromosome を検证することをPurpose にB chromosome をsupportたないオスとメスのゲノムmatching decision・comparisonし、オスにしかexistingしないabout 675 kbのalignmentをCandidate Y chromosome alignmentとして同定した. Now, the relationship between the evolution of the candidate Y chromosome arrangement and the candidate B chromosome arrangement is the same as the original one.