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Establishing the methods to re-develop B-chromosome biology

建立重新开发 B 染色体生物学的方法

基本信息

批准号：
22K19349
负责人：
野澤昌文
金额：
$ 4.16万
依托单位：
Tokyo Metropolitan University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-06-30 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

本年度はB染色体を持つDrosophila asahinai（アサヒナショウジョウバエ、以降アサヒナ）のB染色体配列の決定を目指して研究を進めた。まず、ロングリードシーケンサーであるOxford NanoPore MinIONとショートリードシーケンサーであるIllumina HiSeq Xを併用して、B染色体を持つ系統とB染色体を持たない系統のメスゲノム配列を決定した。この2つのゲノム配列を比較し、B染色体を持つ系統にしか存在しない配列約950 kbをB染色体配列として同定した。次に、B染色体上に存在する遺伝子の有無を明らかにするため、B染色体を持つ系統と持たない系統の幼虫、蛹、成虫の雌雄、および精巣、卵巣のRNA-seqを行った。その結果、候補B染色体上に25個の発現遺伝子を同定した。この中には、オス特異的な発現を示す遺伝子も見つかった。さらに、アサヒナのB染色体の起源についての糸口を探るべく研究を進めた。D. melanogaster（キイロショウジョウバエ）では、Y染色体がB染色体を起源とする可能性が提唱されている。そこで、B染色体とY染色体の進化的関連を検証することを目的にB染色体を持たないオスとメスのゲノム配列を決定・比較し、オスにしか存在しない約675 kbの配列を候補Y染色体配列として同定した。現在、相同性検索やシミュレーションを用いて、候補Y染色体配列と候補B染色体配列の進化的関連性を調べている。

This year, "B chromosome" holds the principle of "Drosophila asahinai", "determination" of B chromosome alignment, "determination" and "research progress". Do you know that you need to know how to use Oxford NanoPore MinION? There is a sequence of 950 kb chromosomes in the B chromosome alignment system, and the B chromosome alignment is identical. In the secondary and B chromosomes, there are two kinds of clones, there are no clear clones, the B chromosomes hold the system, the larvae, pupae, adults, males and females of the larvae, pupae, adults, spermatozoa and ovaries of the RNA-seq system. The results of the test and the 25 genes on the waiting B chromosome were the same. The information in the middle and the special section of the computer shows that the child is in the middle of the game. The origin of B chromosome, the origin of B chromosome and the origin of B chromosome. D. melanogaster, Y chromosomes, B chromosomes, origin, possibility, and so on. B chromosome, B chromosome, Y chromosome, B chromosome, B chromosome, Y chromosome. At present, homologous homologous chromosomes are related to the use of Y chromosomes and candidate B chromosomes, which have improved in terms of connectivity.