がん免疫療法における耐性化機序と進化軌跡の解明

阐明癌症免疫治疗的耐药机制和进化轨迹

• 批准号: 22K18381
• 负责人: 日野原 邦彦
• 金额: $ 16.64万
• 依托单位: Nagoya University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Research (Pioneering)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-06-30 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K18381/
• 关键词: がん免疫療法; 薬剤耐性; 発現型バーコード; １細胞RNAシーケンス; 進化軌跡; 腫瘍内不均一性; 養子T細胞療法; がんの進化; 1細胞解析

本年度は、がん免疫療法に対する耐性進化軌跡の解明に向けたがん細胞株移植モデルのバーコード化を行なった。複数のマウスがん細胞株を対象とし、レンチウイルスベースの発現型バーコードライブラリを低タイターにて感染させ、1細胞ごとに異なるバーコードを保持するがん細胞株を樹立した。これらのバルク細胞集団からDNAを抽出してバーコード領域をPCR増幅し、そのサンプルを次世代シーケンスにて解析したところ、それぞれの細胞株が数百から数千のバーコードによりラベルできていることがわかった。これは多様ながん細胞を追跡する上で十分な数のバーコードではあるものの、マウス移植後に生着するクローンがどの程度存在するかは未知である。そのため、これらの細胞株をマウス移植して生着させた後に得られた腫瘍組織のバーコード多様性を今後検証し、十分な数のがん細胞をin vivoで追跡し得るモデル細胞株の選別を行う必要がある。一方で、来年度以降に実施予定である１細胞データの取得を見据え、個々の細胞における発現バーコード情報を解析するパイプラインの準備も進めた。既存のpublicデータを用いてパイプラインの検証を進め、１細胞トランスクリプトームデータと共に取得される発現バーコード情報を解析するパイプラインを構築した。実際のデータ取得は10xChromiumにて実施予定であるため、これらのバーコード情報をCell Ranger上にてvisualizeする方法論も併せて開発した。

This year は, が ん immunotherapy に す seaborne る patience evolutionary trajectory の interpret に to け た が ん cells transplantation モ デ ル の バ ー コ ー ド change line を な っ た. Plural の マ ウ ス が ん cell lines を like と seaborne し, レ ン チ ウ イ ル ス ベ ー ス の 発 now type バ ー コ ー ド ラ イ ブ ラ リ を low タ イ タ ー に て infection さ せ, 1 cell ご と に different な る バ ー コ ー ド を keep す る が ん cell lines を set し た. こ れ ら の バ ル ク cells sets 団 か ら を DNA extraction し て バ ー コ ー ド を PCR raised し picture, そ の サ ン プ ル を nextgen シ ー ケ ン ス に て parsing し た と こ ろ, そ れ ぞ れ の cell lines が hundreds of か ら thousands の バ ー コ ー ド に よ り ラ ベ ル で き て い る こ と が わ か っ た. こ れ は many others な が ん cells を tracing す る very で な on several の バ ー コ ー ド で は あ る も の の, マ ウ ス に after transplantation with す る ク ロ ー ン が ど す の degree る か は unknown で あ る. そ の た め, こ れ ら の cell lines を マ ウ ス transplantation し て with さ せ after た に ら れ た swollen sores organization の バ ー コ ー ド more than others in sexual を 検 し, in the future very な number の が を ん cells in vivo で tracing し have る モ デ ル cell lines の line separating を う necessary が あ る. Side で, annual to drop に be giving set で あ る 1 cell デ ー タ の を according to え, one 々 の cells に お け る 発 now バ ー コ ー ド intelligence を parsing す る パ イ プ ラ イ ン の prepare も into め た. Existing の public デ ー タ を with い て パ イ プ ラ イ ン の 検 を into め, 1 cell ト ラ ン ス ク リ プ ト ー ム デ ー タ と に obtain total さ れ る 発 now バ ー コ ー ド intelligence を parsing す る パ イ プ ラ イ ン を build し た. Be interstate の デ ー タ obtain は 10 xchromium に て be giving constant で あ る た め, こ れ ら の バ ー コ ー ド intelligence を Cell on the Ranger に て visualize す も る methodology and せ て open 発 し た.

项目成果

がんの進化と脆弱性

癌症的演变和脆弱性

• 发表时间: 2022
• 作者: Kato Shinichiro;Maeda Yuka;Sugiyama Daisuke;Watanabe Keisuke;Nishikawa Hiroyoshi;Hinohara Kunihiko;日野原邦彦
• 通讯作者: 日野原邦彦

がんの表現型可塑性と治療抵抗性

癌症表型可塑性和治疗耐药性

• 发表时间: 2023
• 作者: 陳 天羽;加藤 真一郎;日野原 邦彦;西川 博嘉;日野原邦彦
• 通讯作者: 日野原邦彦