複合体界面の構造情報にもとづく新規タンパク質間相互作用予測法の開発

基于复杂界面结构信息的新型蛋白质-蛋白质相互作用预测方法的开发

• 批准号: 22K12249
• 负责人: 志鷹 真由子
• 金额: $ 2.16万
• 依托单位: Kitasato University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K12249/
• 关键词: タンパク質間相互作用; 複合体界面; 立体構造予測

タンパク質間相互作用は創薬ターゲットとして重要である。タンパク質間相互作用のメカニズムなどを詳細に理解するためには、タンパク質複合体の立体構造情報が欠かせないが、実験的手法で得られる複合体構造の数には限りがあるのが現状である。したがって、コンピュータを用いて精度よくタンパク質複合体の立体構造を予測できる手法が必要となってくる。近年、タンパク質立体構造予測の研究分野においては、アミノ酸配列情報からその立体構造を高精度に予測するAlphaFold2が報告されるなどタンパク質の単体構造の予測精度向上が著しい。その後、タンパク質複合体の立体構造予測に対応したAlphaFold-Multimerも報告されている。そこで当該年度は、それら既存の手法を用いたタンパク質複合体の立体構造予測の結果にもとづき、実験構造と予測構造の比較などにより既存手法の予測精度の確認を行った。また、タンパク質間相互作用の理解には複合体の相互作用界面の構造情報が重要である。そこで、タンパク質複合体の相互作用界面における立体構造的特徴の解析などに用いるために、タンパク質複合体の実験構造のデータセットの作成を開始した。データセットの作成に際しては、複合体の界面構造の分類に関して調査を実施し、Protein Data Bankから取得したタンパク質複合体の実験構造に対し適用を試みている。相互作用界面に存在する水分子などのタンパク質以外の分子についても検討する予定である。

The interaction between the two substances is very important. The three-dimensional structure information of the mass-to-mass interaction is not fully understood, and the number of complex structures is limited by the method. It is necessary to predict the three-dimensional structure of the complex with high precision. In recent years, AlphaFold 2 has been reported to have improved the prediction accuracy of solid structures using acid alignment information. AlphaFold-Multiplexer Report on the Prediction of the Stereoscopic Structure of the Complex The prediction results of three-dimensional structure of solid complexes were compared with those of existing methods in the same year. The structural information of the interaction interface of the complex is important for understanding the mass-to-mass interaction. Analysis of the characteristics of the three-dimensional structure of the interaction interface between the solid and the solid complexes During the creation of the data center, we carried out relevant investigations on the classification of the interface structure of the complex, and tried to apply the actual structure of the complex obtained from the Protein Data Bank. The interaction between water molecules and molecules other than the substance may be predetermined.