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タンデム接続されたRNAスイッチのリガンド結合ダイナミクスシミュレーション

串联 RNA 开关的配体结合动力学模拟

基本信息

批准号：
22K12254
负责人：
種田晃人
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Hirosaki University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

リガンド結合状態を扱えるプログラムの開発と単一のリボスイッチ配列に対する疎視化シミュレーションの実行を行うことを本年度の大きな目標とした。まずリガンドの吸着を考慮した転写中フォールディングをシミュレートするためのプログラムの開発・検討を行った。このリガンドの吸着に対応したプログラムを用いて、単一のリボスイッチ配列に対して転写中ダイナミクスシミュレーションを行った。単純な実装を行った場合、RNA構造ダイナミクスのシミュレーションは計算量が配列長の増加に対して急激に増加する点が問題となるが、粗視化されたエネルギーランドスケープを効率的に探索する独自手法を用いることで、150塩基程度の配列長をもつ既知リボスイッチ配列に対して、効率的にシミュレーションを実行することができた。シミュレーションに用いた既知リボスイッチ配列は、実験によりRNAスイッチとして機能することが文献にて報告されているものを用いた。シミュレーション結果と文献データとの比較を行い、本研究課題で開発した手法の性能について検討を行った。本研究課題で開発した「リガンドの吸着を考慮した転写中フォールディングシミュレーション手法」を用いて、テストに利用したリボスイッチ配列のRNAスイッチとしての動作（例えば、溶液中のリガンドの有無に応じて、リボスイッチ配列の下流にある遺伝子の発現抑制に関連した構造が変化する）をシミュレートすることができた。

In combination with the status monitoring system, we need to make sure that there is an increase in the number of people who are responsible for this year's financial year. In the course of the examination, please do not know what to do. Please do not know what to do. Please do so. I don't know. I don't know what to do. In order to improve the performance of the system, the RNA system is responsible for the calculation of the volume of calculation, the commander, the commander The rate is different from that of the other two. This is due to the use of existing information about the allocation of information, the availability of RNA, the availability of information, and the availability of information on literature reports. The results of this study were compared with those in the literature. the purpose of this study is to improve the performance of the method. The purpose of this study is to inhale the action of RNA in this study (for example, in the solution, there are no drugs in the solution. This is not a good idea. I am afraid that I will not be able to do so.