メダカで発見された巨大な新規DNAトランスポゾンAlbatrossの解析
メダカで発見された巨大な新規DNAトランスポゾンAlbatrossの解析
批准号:
13J09339
负责人:
井上 雄介
金额:
$1.73万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份:
2013
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2013-04-01 至 2016-03-31
中文摘要
トランスポゾンは生物のゲノム上を転移するDNA配列であり、あらゆる生物種に普遍的に存在する。その転移は遺伝情報を変化させるため、宿主生物種のゲノム進化に寄与していると考えられている。当研究室の先行研究により、メダカDa変異体の原因因子として少なくとも42 kb以上である大型の新規DNAトランスポゾンが見出され、Albatrossと命名された。Albatrossの挿入が原因と推定されるメダカ変異体は他にも複数報告があり、メダカゲノムにおいて転移していることが示唆されていた。しかし、その全配列は決定されておらず、サイズ、内部配列の由来、転移活性の有無などは不明であった。昨年度までに、Albatrossはヘルペスウイルスゲノムと一体化した、長さ180 kbを上回る巨大なpiggyBac型DNAトランスポゾンであり、さらに転移活性を保持していることを示した。これより、Albatrossはトランスポゾンの転移機構を二次的に獲得して宿主ゲノム内に内在化したヘルペスウイルスである可能性が示唆された。今年度は本現象の普遍性を検証するために、他の生物種におけるAlbatross様配列の探索および系統解析を行った。その結果、ゲノムが解読されている約60種の真骨魚類のうち16種について、Albatrossと相同性の高いヘルペスウイルス様配列が検出された。系統解析の結果、これらのAlbatross様配列は互いに近縁であり、魚類・両生類感染型ヘルペスウイルス内で一つのクラスターを形成した。さらに、いくつかの種についてはAlbatross様配列がゲノム内で複数コピー存在していることが示唆され、メダカと同様にAlbatross様配列がゲノム内で増幅している可能性が示唆された。以上より、ゲノムに内在化する性質をもった新規のヘルペスウイルスの一群が存在している可能性が示唆された。
英文摘要
トランスポゾンは生物のゲノム上を転移するDNA配列であり、あらゆる生物種に普遍的に存在する。その転移は遺伝情報を変化させるため、宿主生物種のゲノム進化に寄与していると考えられている。当研究室の先行研究により、メダカDa変異体の原因因子として少なくとも42 kb以上である大型の新規DNAトランスポゾンが見出され、Albatrossと命名された。Albatrossの挿入が原因と推定されるメダカ変異体は他にも複数報告があり、メダカゲノムにおいて転移していることが示唆されていた。しかし、その全配列は決定されておらず、サイズ、内部配列の由来、転移活性の有無などは不明であった。昨年度までに、Albatrossはヘルペスウイルスゲノムと一体化した、長さ180 kbを上回る巨大なpiggyBac型DNAトランスポゾンであり、さらに転移活性を保持していることを示した。これより、Albatrossはトランスポゾンの転移機構を二次的に獲得して宿主ゲノム内に内在化したヘルペスウイルスである可能性が示唆された。今年度は本現象の普遍性を検証するために、他の生物種におけるAlbatross様配列の探索および系統解析を行った。その結果、ゲノムが解読されている約60種の真骨魚類のうち16種について、Albatrossと相同性の高いヘルペスウイルス様配列が検出された。系統解析の結果、これらのAlbatross様配列は互いに近縁であり、魚類・両生類感染型ヘルペスウイルス内で一つのクラスターを形成した。さらに、いくつかの種についてはAlbatross様配列がゲノム内で複数コピー存在していることが示唆され、メダカと同様にAlbatross様配列がゲノム内で増幅している可能性が示唆された。以上より、ゲノムに内在化する性質をもった新規のヘルペスウイルスの一群が存在している可能性が示唆された。
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A novel giant DNA transposon Albatross in medaka fish
青鳉鱼中新型巨型DNA转座子信天翁
DOI:
--
发表时间:
2013
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Yusuke Inoue, Takumi Aikawa, Mariko kondo, Shinichi Morishita, Kiyoshi Naruse, Atsuko Shimada, Akihiko Koga, Hiroyuki Takeda]
通讯作者:
Hiroyuki Takeda
Novel active and giant DNA transposon Albatross in the medaka genome
青鳉基因组中新型活性巨型 DNA 转座子信天翁
DOI:
--
发表时间:
2015
期刊:
影响因子:
--
作者:
[○井上 雄介, 佐賀 友則, 相川 拓海, 森下 真一, 成瀬 清, 島田 敦子, 古賀 彰彦, 武田 洋幸]
通讯作者:
武田 洋幸
メダカで発見された巨大な新規DNAトランスポゾンAlbatross
信天翁,在青鳉鱼中发现的一种巨大的新 DNA 转座子
DOI:
--
发表时间:
2013
期刊:
影响因子:
--
作者:
[井上雄介, 近藤真理子, 森下真一, 成瀬清, 島田敦子, 古賀章彦, 武田洋幸]
通讯作者:
武田洋幸
ヘルペスウイルスと一体化した巨大DNAトランスポゾンAlbatross
巨型 DNA 转座子信天翁与疱疹病毒整合
DOI:
--
发表时间:
2015
期刊:
影响因子:
--
作者:
[○井上 雄介, 佐賀 友則, 相川 拓海, 森下 真一, 成瀬 清, 島田 敦子, 古賀 彰彦, 武田 洋幸]
通讯作者:
武田 洋幸
The largest DNA transposon, Albatross -its evolution and application
最大的DNA转座子信天翁-它的进化和应用
DOI:
--
发表时间:
2014
期刊:
影响因子:
--
作者:
[○Yusuke Inoue, Takumi Aikawa, Mariko Kondo, Shinichi Morishita, Kiyoshi Naruse, Atsuko Shimada, Akihiko Koga, Hiroyuki Takeda]
通讯作者:
Hiroyuki Takeda
共 6 条
人文社会科学系の研究評価指標の策定:学術界への直接・間接的な影響の測定
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批准号:24H02371
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Scientists
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资助金额:$0.24万
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财政年份:2024
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负责人:井上 雄介
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依托单位:
Effects of Maternal High-fat Diet on Oogenesis and Offspring Development in Medaka
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批准号:23K14122
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项目类别:Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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资助金额:$3.0万
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财政年份:2023
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负责人:井上 雄介
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依托单位:
社会に魅せる研究力:研究成果の社会への貢献からみた新たな研究力指標の策定と可視化
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批准号:20H00727
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Scientists
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资助金额:$0.24万
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财政年份:2020
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负责人:井上 雄介
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依托单位:
栄養環境刺激がメダカの精子および次世代初期胚へもたらすエピゲノム変化の解析
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批准号:19K16036
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项目类别:Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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资助金额:$2.75万
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财政年份:2019
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负责人:井上 雄介
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依托单位:
人文社会科学系の研究分野に応じた研究機関の客観的な研究力・研究業績評価指標の策定
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批准号:17H00072
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Scientists
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资助金额:$0.33万
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财政年份:2017
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负责人:井上 雄介
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依托单位:
海外基金