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ニホンウナギの回遊遺伝子単離に向けた分子遺伝学的研究

日本鳗鱼洄游基因分离的分子遗传学研究

基本信息

批准号：
13J05845
负责人：
須藤竜介
金额：
$ 1.62万
依托单位：
Tokyo University of Marine Science and Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2013
资助国家：
日本
起止时间：
2013-04-01 至 2015-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

回遊に密接に関わるレプトセファルスからシラスウナギへの変態に着目し、変態の早さに関連する遺伝マーカーの探索のための解析基盤の構築を行った。具体的には、以下の3つの研究を実施した。(1) 解析材料となる家系の作出：完全養殖第2世代のウナギの中で変態の早かった家系の姉妹交配により作出された家系を解析家系とした。変態が開始した個体は変態日数を記録し、DNA解析用にエタノール中に保存した。以上から、変態日数解析用個体77個体のサンプリングが完了した。(2) 遺伝マーカーの探索の基盤構築：解析個体からのDNA抽出はQuick geneを用いて行い、遺伝学的解析はGBS（Genotyping by sequencing）解析を適用した。解析の結果、雄親から19,386,060 reads、雌親から24,068,238 reads、子供からは平均3,586,950 readsのデータを取得した。データはCLCにてクオリティチェックおよび制限高所配列のトリミングを行った後、stacksにてアリルを探索した。その結果、742010個のアリルがコールされた。(3) 育種研究の基盤ツールである親子鑑定系の確立：雌親魚5個体と雄親魚15個体を自然交配させた集団を解析家系とし、日齢2日の153個体と日齢30日の148個体を解析に供した。ヘテロ接合度と多型情報含有値の高い8つのマイクロサテライトマーカーを選定し、マルチプレックスPCR法により全マーカーを同時に増幅させ、多型解析を実施した。計301個体のうち297個体の親子のペアを判別でき、鑑定率は98.7%と高い精度の親子鑑定法を確立できた。以上の研究を通じて、変態に関する遺伝的解析基盤の構築するとともに、育種に向けた基礎ツールの確立もできた。

The structure of the analytical base for the study of the relationship between migration and evolution The following three specific studies were carried out. (1)The analysis of the material and the family made: the complete culture of the second generation and the middle of the state and the early mating of the family and the analysis of the family The number of days when the state begins to change is recorded, and the number of days when the state changes is stored is recorded. 77 individuals for the analysis of the number of days of the above changes have been completed. (2)DNA extraction and DNA sequencing are used in genetic analysis and GBS (Genotyping by sequencing) analysis The analysis results show that the male parent has 19,386,060 reads, the female parent has 24,068,238 reads, and the child has an average of 3,586,950 reads. The CLC is the most important part of the system, and the stack is the most important part of the system. Results: 742010 pieces. (3)The establishment of paternity test system in breeding research: 5 female parent fish and 15 male parent fish, natural mating, analysis of family set, 153 individuals on 2 days and 148 individuals on 30 days For example, if the polymorphism information contains a high value, the PCR method will increase the amplitude simultaneously, and the polymorphism analysis will be performed. A total of 301 individuals were identified and 297 individuals were identified. The identification rate was 98.7% and the high accuracy paternity test method was established. The above research is related to the construction of analytical base plate, breeding base plate and so on.