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ニホンウナギの回遊遺伝子単離に向けた分子遺伝学的研究

日本鳗鱼洄游基因分离的分子遗传学研究

基本信息

批准号：
13J05845
负责人：
須藤竜介
金额：
$ 1.62万
依托单位：
Tokyo University of Marine Science and Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2013
资助国家：
日本
起止时间：
2013-04-01 至 2015-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

回遊に密接に関わるレプトセファルスからシラスウナギへの変態に着目し、変態の早さに関連する遺伝マーカーの探索のための解析基盤の構築を行った。具体的には、以下の3つの研究を実施した。(1) 解析材料となる家系の作出：完全養殖第2世代のウナギの中で変態の早かった家系の姉妹交配により作出された家系を解析家系とした。変態が開始した個体は変態日数を記録し、DNA解析用にエタノール中に保存した。以上から、変態日数解析用個体77個体のサンプリングが完了した。(2) 遺伝マーカーの探索の基盤構築：解析個体からのDNA抽出はQuick geneを用いて行い、遺伝学的解析はGBS（Genotyping by sequencing）解析を適用した。解析の結果、雄親から19,386,060 reads、雌親から24,068,238 reads、子供からは平均3,586,950 readsのデータを取得した。データはCLCにてクオリティチェックおよび制限高所配列のトリミングを行った後、stacksにてアリルを探索した。その結果、742010個のアリルがコールされた。(3) 育種研究の基盤ツールである親子鑑定系の確立：雌親魚5個体と雄親魚15個体を自然交配させた集団を解析家系とし、日齢2日の153個体と日齢30日の148個体を解析に供した。ヘテロ接合度と多型情報含有値の高い8つのマイクロサテライトマーカーを選定し、マルチプレックスPCR法により全マーカーを同時に増幅させ、多型解析を実施した。計301個体のうち297個体の親子のペアを判別でき、鑑定率は98.7%と高い精度の親子鑑定法を確立できた。以上の研究を通じて、変態に関する遺伝的解析基盤の構築するとともに、育種に向けた基礎ツールの確立もできた。

Return to the close connection with the pass through the gate,変STATEのhayさにassociatedする伝マーカーのExplorationのためのANALYSIS BASE STRUCTUREを行った. Specifically, the following three research methods are used. (1) Analysis material とウナギの中で変STATE のEarly かったfamily のSister mating により Make されたfamily を Analysis of the family とした of complete breeding. The number of days of the individual's altered state is recorded, and the number of days of the altered state is recorded, and the DNA analysis is stored in the system. The analysis of the above から、変status days was completed using the individual 77 individual のサンプリングがした. (2) Construction of a foundation for exploration of genetics: DNA extraction and quick gene extraction for individual analysis, analysis of genetics and application of GBS (Genotyping by sequencing) analysis. The results of the analysis were that the male parent had 19,386,060 reads, the female parent had 24,068,238 reads, and the child donor had an average of 3,586,950 reads.データはCLC にてクオリティチェックおよびのトリミングを行った后、stacksにてアリルをExplorationした.その results, 742010 のアリルがコールされた. (3) The basis for breeding research is the establishment of a paternity test system: 5 female parent fish and 15 male parent fish, natural mating.せた集団をanalytic family lineage とし, 153 individuals on the 2nd day of the day and 148 individuals on the 30th day of the day, analysis and supply of the family. The joint degree of ヘテロとmulti-type information contains 値の高い8つのマイクロサテライトマーカーをselectedし, Macrochemical PCR method is a full-scale PCR method that simultaneously increases the amplitude and polytype analysis. A total of 301 individuals have been identified as paternity and 297 individuals have been identified, with an identification rate of 98.7% and a highly accurate paternity testing method established. The above-mentioned research has established the foundation for the analysis of the foundation for the research and development of the state of affairs, and established the basis for the breeding.