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生態ゲノミクスで豪州ヒノキにおける環境適応プロセスを復元する

利用生态基因组学重建澳大利亚柏树的环境适应过程

基本信息

批准号：
13J06059
负责人：
阪口翔太
金额：
$ 3万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2013
资助国家：
日本
起止时间：
2013-04-01 至 2016-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

豪州ヒノキ複合種はオーストラリア大陸全域に分布を拡大した系統群であり，砂漠・温帯・熱帯サバンナという多様な気候下で生育している．本研究では，この豪州ヒノキを対象にした生態ゲノミクスを展開することで，本種群における環境適応の遺伝的基盤を解明するとともに，遺伝的適応がその後の集団サイズや生態ニッチの拡大にどのように寄与したのかを解明することを目的としている．平成27年度は前年度までに得られたRNA-seq解析から，同義置換率に対する非同義置換率が高いアウトライヤー遺伝子座について集団リシークエンスを行い，本複合種の適応進化に関与した遺伝子座を抽出することを目的にした．解析の対象としたのは39座のアウトライヤー遺伝子座と9座のコントロール遺伝子座で，これらについてプライマーを設計してBioanalyzerを用いてPCR増幅の確認を行った．PCR増幅を行った後，Fluidigm社のAccess Array Systemを用いることにより，オーストラリア大陸全域から採取した96個体の豪州ヒノキDNAを48座について同時にPCR増幅を行った．得られたPCR産物はデスクトップ型次世代シークエンサーIonPGMを利用し，アンプリコンシークエンスに供した．シークエンスの結果，解析対象とした48遺伝子座のうち26遺伝子座でデータ欠損率の低い多型データを得ることができたが，22遺伝子座については一部の地域に由来する個体でデータが得られず，遺伝的多型の豊富な野生植物で安定して増幅できるプライマーの設計が課題となっている．研究員の所属変更に伴って，本研究は本年度途中で中断することになったが，これまでに多型データを取得できた候補遺伝子群に関する分子進化的解析を進めて，本複合種の適応進化の分子的背景を検証していく予定である．

The distribution of the complex species in the whole continent is large and the system group is large. This study aims to clarify the basis of environmental adaptation and genetic diversity in this population. In 2007, the RNA-seq analysis was performed in comparison with the previous year, and the synonymous substitution rate was higher than the nonsynonymous substitution rate. Analysis of the image of the 39 sites of the DNA sequence and the 9 sites of the DNA sequence, the design of the Bioanalyzer was used to confirm the PCR amplification. After the PCR amplification was performed, the Fluidigm Access Array System was used to detect the DNA sequence of the 96 sites of the DNA sequence. The PCR products were obtained from the next generation of PGM. The results of the analysis show that the target is 48 loci, 26 loci, 22 loci, 23 loci, 24 loci, 25 loci, 26 loci, 27 loci, 28 loci, 27 loci, 28 loci, 28 loci, 29 loci, 20 loci, 20 loci, 29 loci, 20 loci, 29 loci, 20 loci, 21 loci, 20 loci, 22 loci, 20 loci 20 loci, 20 loci 21 loci 20 loci 20 loci, 20 loci 20 loci, 20 loci 20 loci 2 This study is aimed at analyzing the molecular evolution related to the acquisition of candidate genetic subgroups for polytype DNA, and identifying the molecular background for the evolution of this complex.