先進的医用画像解析のための細胞周期を考慮したセル構造の数理的モデル化
先進的医用画像解析のための細胞周期を考慮したセル構造の数理的モデル化
批准号:
13F03348
负责人:
長橋 宏
金额:
$1.47万
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份:
2013
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2013-04-01 至 2016-03-31
中文摘要
微分干渉顕微鏡による線虫(C.elegans)の3次元細胞画像に対して,コンピュータビジョンの分野で用いられているオプティカルフロー検出法を適用することで,細胞分裂過程で生じる細胞質内での物質の3次元的な移動を表すフローを可視化した.その結果として,細胞分裂過程における物質の流れが,時間/空間の両方において局在化する現象を明らかにすることができた.特に細胞膜近辺での移動が,個々の細胞とも大きくなる現象を観測することが可能となった.さらに,複数の細胞の分裂に対する同様の実験から,個々の細胞が類似する現象を示す性質も明らかにすることができた.作成した可視化システムでは,細胞内の物質の移動量やその移動方向も区別して表示可能である.また,細胞の選択,細胞の可視化方向,細胞の時空間内での位置選択などを制御可能なGUIも実装した.一方,細胞分裂周期解析の応用として,線虫以外の非染色細胞分裂画像についても,細胞内のテクスチャ解析に基づいて個々の細胞のある時刻における分裂フェーズを推定するシステムを構築した.具体的には,Chinese-Hamsterの卵巣細胞の分裂を記録した約12時間に亘る顕微鏡画像のテクスチャ解析を通して,細胞の分裂フェーズを分類するための特徴量について検討した上で,この特徴に基づく分裂フェーズ識別器を機械学習によって構築した.そして,この識別器を用いて細胞の分裂フェーズを分類するシミュレーション実験を行った.その結果,ある細胞に対して任意の時刻で撮影された連続する2フレームの画像から,与えられた細胞がG1期,G2期,M期のいずれのフェーズにあるのかを効率的に判別することが可能となった.
英文摘要
微分干渉顕微鏡による線虫(C.elegans)の3次元細胞画像に対して,コンピュータビジョンの分野で用いられているオプティカルフロー検出法を適用することで,細胞分裂過程で生じる細胞質内での物質の3次元的な移動を表すフローを可視化した.その結果として,細胞分裂過程における物質の流れが,時間/空間の両方において局在化する現象を明らかにすることができた.特に細胞膜近辺での移動が,個々の細胞とも大きくなる現象を観測することが可能となった.さらに,複数の細胞の分裂に対する同様の実験から,個々の細胞が類似する現象を示す性質も明らかにすることができた.作成した可視化システムでは,細胞内の物質の移動量やその移動方向も区別して表示可能である.また,細胞の選択,細胞の可視化方向,細胞の時空間内での位置選択などを制御可能なGUIも実装した.一方,細胞分裂周期解析の応用として,線虫以外の非染色細胞分裂画像についても,細胞内のテクスチャ解析に基づいて個々の細胞のある時刻における分裂フェーズを推定するシステムを構築した.具体的には,Chinese-Hamsterの卵巣細胞の分裂を記録した約12時間に亘る顕微鏡画像のテクスチャ解析を通して,細胞の分裂フェーズを分類するための特徴量について検討した上で,この特徴に基づく分裂フェーズ識別器を機械学習によって構築した.そして,この識別器を用いて細胞の分裂フェーズを分類するシミュレーション実験を行った.その結果,ある細胞に対して任意の時刻で撮影された連続する2フレームの画像から,与えられた細胞がG1期,G2期,M期のいずれのフェーズにあるのかを効率的に判別することが可能となった.
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マルチフラクタルを用いた四次元細胞画像の分割とレンダリング
使用多重分形分割和渲染四维细胞图像
DOI:
--
发表时间:
2015
期刊:
影响因子:
--
作者:
[F. Gimbert, C.-C. Lee, R. Friedlein, A. Fleurence, Y. Yamada-Takamura, and T. Ozaki, 増井進太郎,Chamidu ATUPELAGE,青木工太,長橋宏]
通讯作者:
増井進太郎,Chamidu ATUPELAGE,青木工太,長橋宏
Cytoplasmic Motion Visualization and Analysis of C.elegans Embryo
线虫胚胎的细胞质运动可视化和分析
DOI:
--
发表时间:
2015
期刊:
影响因子:
--
作者:
[C. Atupelage, K.Kyoda, S.Onami, H. Nagahashi]
通讯作者:
H. Nagahashi
3D visualization of cytoplasmic streaming
细胞质流的 3D 可视化
DOI:
--
发表时间:
2015
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Chamidu Atupelage, Hiroshi Nagahashi, Koji Kyoda, Shuichi Onami]
通讯作者:
Shuichi Onami
Cell Nuclei Classification in HE-stained Biopsy Images
HE 染色活检图像中的细胞核分类
DOI:
--
发表时间:
2014
期刊:
影响因子:
--
作者:
[J. Ohkanda, M. Tsubamoto, N. Kato, J. Sun, P. Parvatkar, M. Uesugi, Chamidu Atupelage]
通讯作者:
Chamidu Atupelage
顕微鏡画像における細胞テクスチャ解析
显微图像中的细胞纹理分析
DOI:
--
发表时间:
2016
期刊:
影响因子:
--
作者:
[G. Liu, A. F. M. M. Rahman, S. Chaunchaiyakul, T. Kimaura, Y. Kuwahara, and N. Komatsu, 青竹峻太郎,チャミド・アトゥペラゲ,張子聡,青木工太,長橋宏,木賀大介]
通讯作者:
青竹峻太郎,チャミド・アトゥペラゲ,張子聡,青木工太,長橋宏,木賀大介
共 10 条
競合学習法に基づく布地表面視検査の自動化に関する研究
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批准号:07F07367
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项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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资助金额:$1.47万
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财政年份:2007
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负责人:長橋 宏
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依托单位:
局所テクスチャの自己想起学習に基づく実環境のシーン理解に関する研究
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批准号:03F03257
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项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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资助金额:$0.9万
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财政年份:2003
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负责人:長橋 宏
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依托单位:
動作機能を学習・獲得する3次元物体モデルの研究
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批准号:15650030
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项目类别:Grant-in-Aid for Exploratory Research
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资助金额:$2.11万
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财政年份:2003
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负责人:長橋 宏
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依托单位:
局所テクスチャの自己想起学習に基づく実環境のシーン理解に関する研究
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批准号:03F00257
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项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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资助金额:$0.45万
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财政年份:2003
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负责人:長橋 宏
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依托单位:
形状モデルおよびモデルから生成される幾何データの保護と利用に関する研究
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批准号:12875070
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项目类别:Grant-in-Aid for Exploratory Research
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资助金额:$1.15万
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财政年份:2000
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负责人:長橋 宏
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依托单位:
高級言語で書かれたプログラムのチップ化に関する研究
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批准号:63750342
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.51万
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财政年份:1988
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负责人:長橋 宏
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依托单位:
Lisp 言語をベースとした画像処理エクスパートシステムに関する研究
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批准号:60780019
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.45万
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财政年份:1985
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负责人:長橋 宏
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依托单位:
海外基金