TETHERED FE(II)--A STRUCTURAL PROBE OF RIBOSOMAL RNA

系留FE(II)--核糖体RNA的结构探针

• 批准号: 2444435
• 负责人: LISA F NEWCOMB
• 金额: $ 2.86万
• 依托单位: UNIVERSITY OF CALIFORNIA SANTA CRUZ
• 依托单位国家: 美国
• 财政年份: 1997
• 资助国家: 美国
• 起止时间: 1997-07-01 至
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://reporter.nih.gov/project-details/2444435
• 关键词: iron compounds; nucleic acid probes; nucleic acid structure; ribosomal RNA

The research proposed here involves covalently attaching Fe(II)-EDTA probes to ribosomal RNA (rRNA) in order to determine the tertiary structure of highly conserved regions of the RNA. It is part of a larger project designed to produce the most accurate three dimensional model of E.Coli ribosomes to date. Ribosomes perform protein synthesis, which is one of the most basic aspects of life. Among other functions, protein synthesis has been shown to be part of the cell cycle. Knowing the tertiary structure of ribosomes will help elucidate the active sites of ribosomes and the mechanism of translation, which should aid in finding ways to arrest the cell cycle and provide a treatment for cancer. Two methods of attaching Fe(II)-EDTA to rRNA are proposed: 1) Fe(II)-EDTA will be attached to a 5'-thiophosphate creating a discontinuity in the RNA. 2) Fe(II)-EDTA will be attached to a modified uridine generating a continuous RNA molecule. The cleavage patterns of the modified RNA will be used to determine what parts of the 23S rRNA contact the 16S rRNA at the interface between the 30S and 50S subunits of ribosomes, and to ascertain what regions of 16S rRNA are close to the 530 stem-loop, specifically determining if the 1400-1500 decoding region is proximal to this loop.

这里提出的研究涉及共价连接 Fe(II)-EDTA 探针核糖体 RNA (rRNA) 以确定三级 RNA高度保守区域的结构。 它是更大的一部分 该项目旨在生成最精确的三维模型 迄今为止的大肠杆菌核糖体。 核糖体进行蛋白质合成，这是 生活最基本的方面之一。 除其他功能外，蛋白质 合成已被证明是细胞周期的一部分。 知道 核糖体的三级结构将有助于阐明核糖体的活性位点 核糖体和翻译机制，这应该有助于发现 阻止细胞周期并提供癌症治疗的方法。 二 提出了将 Fe(II)-EDTA 附着到 rRNA 上的方法： 1) Fe(II)-EDTA 将连接到 5'-硫代磷酸酯上，从而在 核糖核酸。 2) Fe(II)-EDTA 将连接到修饰的尿苷上，生成 连续的RNA分子。 修饰后的RNA的切割模式 将用于确定 23S rRNA 的哪些部分接触 16S rRNA 在核糖体 30S 和 50S 亚基之间的界面处，并且 确定 16S rRNA 的哪些区域靠近 530 茎环， 具体确定1400-1500解码区域是否接近 这个循环。

项目成果

Directed hydroxyl radical probing of 16S rRNA in the ribosome: spatial proximity of RNA elements of the 3' and 5' domains.

核糖体中 16S rRNA 的定向羟基自由基探测：3 和 5 结构域的 RNA 元件的空间邻近性。

• DOI: 10.1017/s1355838299990192
• 发表时间: 1999
• 期刊: RNA (New York, N.Y.)
• 作者: Newcomb,LF;Noller,HF
• 通讯作者: Noller,HF