Use of peptide nucleic acid probes for pathogen-targeted metagenomics

使用肽核酸探针进行病原体靶向宏基因组学

• 批准号: 24659275
• 负责人: YASUNAGA Teruo
• 金额: $ 2.5万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• 财政年份: 2012
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2012 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-24659275/
• 关键词: 遺伝子検査学; 遺伝子診断

Metagenomics is becoming an important tool for comprehensive pathogen detection from clinical specimens. So far, using this methodology, we have detected pathogenic bacteria, influenza viruses and noroviruses from clinical samples. In this study, to increase the sensitivity and efficiency of our method, we developed a basic protocol for influenza-targeted-metagenomics using a peptide nucleic acid (PNA) probe. A PNA probe that recognizes a conserved sequence among influenza A viruses was designed and synthesized. The efficiency of the probe for target capturing was assessed using a mouse model for influenza infection. We show that treatment of the probe results in a 27-fold increase in the ratio of mouse genome to target DNA, compared to a 7-fold increase without the use of the probe. The protocol established here will serve as a basis for pathogen-targeted metagenomics.

宏基因组学正成为从临床标本中进行全面病原体检测的重要工具。到目前为止，使用这种方法，我们已经从临床样本中检测出致病菌，流感病毒和诺如病毒。在这项研究中，为了提高我们的方法的灵敏度和效率，我们开发了一种使用肽核酸（PNA）探针的流感靶向宏基因组学的基本方案。设计并合成了一种识别甲型流感病毒保守序列的PNA探针。使用流感感染的小鼠模型评估探针用于靶捕获的效率。我们表明，处理的探针的结果在小鼠基因组的比例增加了27倍，靶DNA，相比之下，没有使用的探针增加了7倍。该方案将为病原体靶向宏基因组学研究奠定基础。

项目成果

感染症メタゲノミクス

传染病宏基因组学

• 发表时间: 2012
• 作者: Fu L;Kitamura T;Iwabuchi K;Ichinose S;Yanagida M;Ogawa H;Watanabe S;Maruyama T;Suyama M;Takamori K.;中村昇太
• 通讯作者: 中村昇太

ペプチド核酸のインフルエンザウイルスゲノム識別能

肽核酸识别流感病毒基因组的能力

• 发表时间: 2012
• 作者: 開發邦宏;澤田慎二郎;菅野尭;中村昇太;中屋隆明;後藤直久;安永照雄;加藤修雄
• 通讯作者: 加藤修雄

メタゲノミック診断法のハイスループット化

高通量宏基因组诊断方法

• 发表时间: 2013
• 作者: 中村昇太;後藤和義;元岡大祐;飯田哲也;堀井俊宏
• 通讯作者: 堀井俊宏

次世代シーケンサーを用いたメタゲノミクスによる病原微生物探索

使用下一代测序仪通过宏基因组学搜索病原微生物

• 发表时间: 2012
• 作者: Y. Kurashima;T. Amiya;T. Nochi;K. Fujisawa;T. Haraguchi;H. Iba;H. Tsutsui;S. Sato;S. Nakajima;H. Iijima;M. Kubo;J. Kunisawa;H. Kiyono;福島浩平，羽根田祥，渡辺和宏;中村昇太
• 通讯作者: 中村昇太

Identification and inhibition of influenza virus genome replication by a peptide nucleic acid

肽核酸鉴定和抑制流感病毒基因组复制

• 发表时间: 2012
• 作者: K. Kaihatsu;S. Sawada;T. Kanno;S. Nakamura;N. Goto;T. Nakaya;T. Yasunaga;N. Kato
• 通讯作者: N. Kato