HIGH THROUGHPUT ANNOTATION OF GENOMIC DNA SEQUENCE
基因组 DNA 序列的高通量注释
基本信息
- 批准号:2825570
- 负责人:
- 金额:$ 0.07万
- 依托单位:
- 依托单位国家:美国
- 项目类别:
- 财政年份:1997
- 资助国家:美国
- 起止时间:1997-02-12 至 2000-01-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
DESCRIPTION (Adapted from the Investigator's Abstract): High-throughput
genomic sequencing efforts must be accompanied by high throughput,
cost-effective sequence annotation to fully realize the value of the data.
Annotation encompasses the identification and archiving of putative
biological signals, sequence characteristics, and features, including genes,
and, wherever cost-effective, the further characterization of those features
experimentally. While one might hope that annotation could be entirely
computational and thus inexpensive and rapid, computational predictions,
especially of gene models, must ultimately be confirmed experimentally as an
additional and independent validation of the genomic sequence data, and as a
means to establish the firm foundation necessary to simplify and accelerate
future biological research. The proposed work integrates computational and
experimental approaches, creating a test-bed and ultimately a production
system for high-throughput, high-information-gain annotation. It is
designed as an open system where new computational and experimental
components, and new scientific visualization tools, can be easily installed
and maintained in the data management and analysis framework. Experimental
annotation will be streamlined, targeted versions of standard techniques,
including single pass sequencing of cDNAs selected from EST hits of genomic
DNA, RT-PCR across inter- and intra-regions of putative, and dot-blots of
plasmid DNA used in genomic sequencing against labeled mRNA.
The three basic goals of experimental annotation are to 1) establish
laboratory protocols, management structures and automation techniques for
high-throughput experimental annotation; 2) validate and refine
computational annotation, especially for gene model finders such as GRAIL;
and 3) extract high-information-gain data, for example, by concentrating
single pass cDNA sequencing efforts on ESTs from unknown gene classes, to
extend the sequence similarly databases and computational gene finders. In
its initial phase, development of the system infrastructure will be tightly
coupled to ongoing high-throughput sequencing at the University of Oklahoma
with the goal of transitioning the technology for deployment to the genomics
research community at large.
描述(改编自研究者的摘要):高通量
基因组测序工作必须伴随高通量,
经济高效的序列注释,充分实现数据的价值。
注释包括假定的识别和归档
生物信号、序列特征和特征,包括基因、
并且,只要具有成本效益,就可以进一步表征这些功能
实验性地。 虽然人们可能希望注释可以完全
计算性的,因此廉价且快速的计算预测,
尤其是基因模型,最终必须通过实验证实
基因组序列数据的额外和独立验证,并作为
意味着建立简化和加速所需的坚实基础
未来的生物学研究。 拟议的工作整合了计算和
实验方法,创建试验台并最终生产
高通量、高信息增益注释系统。 这是
设计为一个开放系统,其中新的计算和实验
组件和新的科学可视化工具可以轻松安装
并在数据管理和分析框架中维护。 实验性的
注释将被简化,标准技术的目标版本,
包括从基因组 EST 命中中选择的 cDNA 的单次测序
DNA、RT-PCR 跨假定区域间和区域内,以及斑点印迹
用于针对标记 mRNA 进行基因组测序的质粒 DNA。
实验注释的三个基本目标是 1)建立
实验室协议、管理结构和自动化技术
高通量实验注释; 2)验证和完善
计算注释,尤其是基因模型查找器,例如 GRAIL;
3)提取高信息增益数据,例如通过集中
对来自未知基因类别的 EST 进行单次 cDNA 测序工作,
类似地,数据库和计算基因查找器扩展序列。 在
其初始阶段,系统基础设施的开发将紧密
与俄克拉荷马大学正在进行的高通量测序相结合
目标是将部署技术转变为基因组学
整个研究界。
项目成果
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专著数量(0)
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