HLA DRB TYPING USING DENATURING GRADIENT GEL ELECTROPHORESIS & SEQUENCING
使用变性梯度凝胶电泳进行 HLA DRB 分型
基本信息
- 批准号:6277720
- 负责人:
- 金额:$ 5.14万
- 依托单位:
- 依托单位国家:美国
- 项目类别:
- 财政年份:1998
- 资助国家:美国
- 起止时间:1998-05-01 至 1999-04-30
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
High-resolution HLA-DRB typing is required for bone marrow
transplantation between unrelated donors and recipients and also for
identification of novel HLA-DRB alleles. The highly variable second
exon of all HLA-DRB1, -DRB3, -DRB4, -DRB5, -DRB6 and -DRB7 alleles was
amplified using a single pair of generic DRB-specific primers and
alleles were separated by DGGE. DNA was then reamplified from plugs
removed from the gel and the sequences of these alleles were
determined using fluorescent-based sequencing and allele-assignment
software. RESULTS The validity of this typing procedure was confirmed
by identification of HLA-DRB alleles for 17 individuals previously
characterized by PCR-SSP and/or cloning and sequencing techniques. We
identified 34 different HLA-DRB alleles in these 17 unrelated
individuals. Our analysis revealed HLA-DRB1 alleles which had not
been identified using the PCR-SSP typing technique. Additionally,
alleles from the HLA-DRB3, -DRB4 and -DRB5 loci were identified.
Whereas traditional HLA-DRB typing methods provide limited information
or require the use of multiple oligonucleotide primers or probes, our
technique provides a reliable, specific and relatively rapid way of
identifying all HLA-DRB alleles for high-resolution tissue typing.
OBJECTIVE: To describe a method for the unambiguous identification of
HLA-DRB alleles using the polymerase chain reaction (PCR), denaturing
gradient gel electrophoresis (DGGE) and direct FUTURE DIRECTIONS This
technique can now be used to define the DRB1 alleles of patients
undergoing bone marrow transplantation. KEY WORDS cross-reactivity,
DGGE, DNA, HLA-DRB, PCR, sequencing, typing
骨髓需要高分辨率HLA-DRB分型
无关供体和受体之间的移植,
新HLA-DRB等位基因鉴定。 高度可变的第二个
所有HLA-DRB 1、-DRB 3、-DRB 4、-DRB 5、-DRB 6和-DRB 7等位基因的外显子,
使用单对通用DRB特异性引物扩增,
DGGE分离等位基因。 然后从插塞中重新扩增DNA,
从凝胶中取出这些等位基因的序列,
使用基于荧光的测序和等位基因分配确定
软件 结果证实了该分型方法的有效性
通过对17个先前的个体的HLA-DRB等位基因的鉴定,
通过PCR-SSP和/或克隆和测序技术表征。 我们
在这17个不相关的HLA-DRB等位基因中,
个体 我们的分析显示,HLA-DRB 1等位基因没有
使用PCR-SSP分型技术进行鉴定。 此外,本发明还
鉴定了来自HLA-DRB 3、-DRB 4和-DRB 5基因座的等位基因。
然而传统的HLA-DRB分型方法提供的信息有限,
或需要使用多个寡核苷酸引物或探针,我们
技术提供了一种可靠、特异和相对快速的方法,
鉴定所有HLA-DRB等位基因用于高分辨率组织分型。
目的:描述一种明确鉴别
HLA-DRB等位基因使用聚合酶链反应(PCR),变性
梯度凝胶电泳(DGGE)和直接的未来方向
现在可以使用一种技术来确定患者的DRB 1等位基因
接受骨髓移植 关键词交叉反应性,
DGGE、DNA、HLA-DRB、PCR、测序、分型
项目成果
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专著数量(0)
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