AUTOFIT 1 2, UPDATED SOFTWARE FOR XAS GLOBAL MAPPING

AUTOFIT 1 2，XAS 全球地图更新软件

• 批准号: 6120377
• 负责人: MARK R CHANCE
• 金额: $ 2.02万
• 依托单位: ALBERT EINSTEIN COLLEGE OF MEDICINE
• 依托单位国家: 美国
• 财政年份: 1998
• 资助国家: 美国
• 起止时间: 1998-09-30 至 1999-08-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://reporter.nih.gov/project-details/6120377
• 关键词: biomedical resource; computers; enzymes; proteins; spectrometry; technology /technique

Our global mapping procedure, where crystal structure coordinates are refined to XAS data using the ab initio XAS code FEFF 6.01, continues to be used and updated. In the programs, a grid of hundreds of simulations are directly compared to the experimental data without the use of non-linear least squares fitting procedures to find the interatomic distances. Instead, each simulation is performed with different interatomic distances. The emphasis is on mapping the local Hand global minima and providing a detailed visual picture and error Hanalysis in the comparison of alternative structures. The three Hdimensional structural coordinates utilized in the simulations are Hbased on crystal structure models derived from structural databases. HThus, a particular geometry for the metal site is incorporated in this Hchoice. Alternative structures with different geometries can also be Hselected, processed, and compared. This makes the structural Hassumptions about the site explicit and they must be justified based Hon ancillary structural information. Our suite of programs (called HAUTOFIT 1.2) vary selected bond distances, compare the resulting ab Hinitio simulations to the experimental data, and compute and plot a Hfigure that displays 400-500 alternative solutions simultaneously. HThese programs are available to outside users free of charge and have Hbeen readied for release along with a manual for using the code. In Haddition, we have recently completed a UNIX based version of the code, Halong with the original PC based version.

我们的全局绘图程序，其中晶体结构坐标 使用从头开始的 XAS 代码 FEFF 6.01 精炼为 XAS 数据， 继续使用和更新。 在程序中，有数百个网格 模拟结果直接与实验数据进行比较，无需 使用非线性最小二乘拟合程序来找到 原子间距离。 相反，每个模拟都是用 不同的原子间距离。 重点是绘制当地地图 手动全局最小值并提供详细的视觉图片和错误 替代结构比较中的分析。 三个 模拟中使用的高维结构坐标是 H基于从结构数据库导出的晶体结构模型。 因此，金属位点的特定几何形状被纳入 这个选择。 具有不同几何形状的替代结构可以 也可以被选择、处理和比较。 这使得结构 对网站的假设是明确的，并且必须有合理依据 尊敬的辅助结构信息。 我们的程序套件（称为 HAUTOFIT 1.2) 改变选定的粘合距离，比较所得的 ab Hinitio 对实验数据进行模拟，并计算并绘制 同时显示 400-500 个替代解决方案的 Hfigure。 H这些程序免费提供给外部用户，并且具有 Hbeen 已准备好发布以及使用该代码的手册。 在 Haddition，我们最近完成了一个基于 UNIX 的版本 代码，Halong 与原始基于 PC 的版本。