DNA Microarrays for Neurotropic Human Herpesviruses

用于嗜神经人类疱疹病毒的 DNA 微阵列

基本信息

  • 批准号:
    6315463
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 30.98万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
    2001
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2001-06-01 至 2005-05-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

We have applied sequence-based computer programs and our own databases to select 75 nt oligonucleotide sequences within the HSV-1 genome that are specific for the expression of individual viral transcripts. Better than half of the total viral transcripts can be uniquely specified with sets of 2--3 short sequences. We have arrayed these probes on chemically activated glass slides to generate a "first generation" HSV-1 DNA microarray (HSV-chip). We have used nick-translated viral DNA and cloned DNA fragments to optimize hybridization conditions and demonstrate the high specificity of this first generation chip. We have also used oligo-dT primed cDNA labeled with Cy3 and Cy5-luorescent nucleoside derivatives generated from RNA isolated from cells infected with HSV under various conditions, which influence the class of genes expressed. Inhibition of de novo protein synthesis allows only expression of immediate-early genes, blockage of DNA replication inhibits expression of strict late genes, isolation of RNA at short times after infection results in high enrichment of early phase transcripts, etc. Our preliminary results confirm that all classes of viral transcripts can be detected with good efficiency and very high specificity. We will now: 1. Optimize an HSV-1 DNA microarray by designing additional viral and cellular probes and labeling regimens to increase specificity and especially the discrimination between overlapping viral genes. 2. Apply the chips to the in-depth analysis of the influence of specific viral genes, cell types, and state of cell differentiation on the global program of HSV gene expression. These experiments will be carried out using well- defined recombinant viruses.3. Assay global patterns of viral gene expression during productive and reactivating infection in the mouse. Here we will take advantage of the well documented roles of specific viral genes in aspects of viral pathogenesis and latency. 4. Apply these methods towards design of DNA microarrays specific for other members of the human alpha herpesvirus group.
我们已经应用基于序列的计算机程序和我们自己的数据库来选择HSV-1基因组内的75 nt寡核苷酸序列,这些序列对单个病毒转录本的表达具有特异性。总病毒转录物的一半以上可以用2- 3个短序列的集合唯一地指定。我们将这些探针排列在化学活化的载玻片上,以产生“第一代”HSV-1 DNA微阵列(HSV-芯片)。我们已经使用切口翻译的病毒DNA和克隆的DNA片段,以优化杂交条件,并证明这种第一代芯片的高特异性。我们还使用了用Cy 3和Cy 5-荧光核苷衍生物标记的寡聚-dT引发的cDNA,所述衍生物从在各种条件下感染HSV的细胞中分离的RNA产生,所述条件影响表达的基因的类别。从头蛋白质合成的抑制只允许立即早期基因的表达,DNA复制的阻断抑制了严格的晚期基因的表达,在感染后的短时间内分离RNA导致早期转录物的高度富集等。我们的初步结果证实,所有类别的病毒转录物可以检测到良好的效率和非常高的特异性。我们现在将:1.通过设计额外的病毒和细胞探针和标记方案来优化HSV-1 DNA微阵列,以增加特异性,特别是重叠病毒基因之间的区分。2.应用芯片深入分析特定病毒基因、细胞类型和细胞分化状态对HSV基因表达全局程序的影响。这些实验将使用定义明确的重组病毒进行.在小鼠的生产性感染和再激活感染期间,测定病毒基因表达的总体模式。在这里,我们将充分利用特定病毒基因在病毒发病机制和潜伏期方面的作用。4.将这些方法应用于设计针对人类α疱疹病毒组其他成员的DNA微阵列。

项目成果

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