Group-Theoretic Methods in Protein Structure Determina-n

蛋白质结构测定中的群论方法

基本信息

  • 批准号:
    6985636
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 28.35万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
    2005
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2005-04-01 至 2009-03-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

DESCRIPTION (provided by applicant): This is a proposal to bring techniques from group theory and (noncommutative) harmonic analysis to bear on computational aspects of structural biology. Novel algorithms will be developed and implemented in order to address the following problems: de novo determination of protein structure from unassigned residual dipolar couplings without a prior knowledge of the Saupe alignment tensor; rapid minimization of the "rotation function" for molecular replacement of multi-domain proteins; de novo determination of electron densities from projections in cryo-electron-microscopy. Our unified approach casts these as minimization problems and fast functional evaluations on finite and Lie groups, for which we will need to generalize methods such as gradient descent and FFTs to the group-valued setting. Our team combines expertise in mathematics, engineering, and biology necessary to make progress in this highly interdisciplinary subject. The problem of protein structure determination is central to the understanding of protein function and molecular design. This is absolutely critical to the progress of the health and environmental sciences in regards to efforts related to "designer drugs" - i.e., the development of targeted therapies, be they for humans, animals, or plants. Our efforts have the potential to remake high-throughput techniques by providing experimentalists with new and efficient techniques for the comparison of molecular structures. The novelty of our approach is in its focus on the use of the tools of group theory and group representation theory (harmonic analysis) in this life sciences setting. A particularly attractive aspect of this proposal is the close connection between theory and practice. Our interdisciplinary team combines mathematical, computational, biological, and engineering skills - so that it is well-poised to make progress on a problem that is inherently multidisciplinary and one that draws on each of these areas
描述(由申请人提供):这是一项将群论和(非交换)调和分析技术应用于结构生物学计算方面的提案。将开发和实施新的算法,以解决以下问题:在事先不了解 Saupe 对齐张量的情况下,从未分配的残余偶极耦合中重新确定蛋白质结构;快速最小化多结构域蛋白质分子替换的“旋转功能”;从冷冻电子显微镜投影中重新测定电子密度。我们的统一方法将这些视为有限群和李群上的最小化问题和快速函数评估,为此我们需要将梯度下降和 FFT 等方法推广到群值设置。我们的团队结合了数学、工程和生物学方面的专业知识,以在这一高度跨学科的学科中取得进展。 蛋白质结构测定问题是理解蛋白质功能和分子设计的核心。这对于与“设计药物”相关的健康和环境科学的进步绝对至关重要,即开发针对人类、动物或植物的靶向疗法。我们的努力有可能通过为实验人员提供新的、有效的分子结构比较技术来重塑高通量技术。 我们方法的新颖性在于其重点是在生命科学环境中使用群论和群表示论(调和分析)工具。该提案特别吸引人的一点是理论与实践之间的密切联系。 我们的跨学科团队结合了数学、计算、生物和工程技能,因此能够在本质上是多学科的问题上取得进展,并且利用这些领域中的每一个领域

项目成果

期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

Gregory Chirikjian其他文献

Gregory Chirikjian的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('Gregory Chirikjian', 18)}}的其他基金

Information Fusion in Biomolecular Structure and Motion Determination
生物分子结构和运动测定中的信息融合
  • 批准号:
    8825691
  • 财政年份:
    2014
  • 资助金额:
    $ 28.35万
  • 项目类别:
Information Fusion in Biomolecular Structure and Motion Determination
生物分子结构和运动测定中的信息融合
  • 批准号:
    9059739
  • 财政年份:
    2014
  • 资助金额:
    $ 28.35万
  • 项目类别:
Information Fusion in Biomolecular Structure and Motion Determination
生物分子结构和运动测定中的信息融合
  • 批准号:
    8889276
  • 财政年份:
    2014
  • 资助金额:
    $ 28.35万
  • 项目类别:
Information Fusion in Biomolecular Structure and Motion Determination
生物分子结构和运动测定中的信息融合
  • 批准号:
    9261553
  • 财政年份:
    2014
  • 资助金额:
    $ 28.35万
  • 项目类别:
Group-Theoretic Methods in Protein Structure Determina-n
蛋白质结构测定中的群论方法
  • 批准号:
    7845819
  • 财政年份:
    2009
  • 资助金额:
    $ 28.35万
  • 项目类别:
Group-Theoretic Methods in Protein Structure Determina-n
蛋白质结构测定中的群论方法
  • 批准号:
    7404474
  • 财政年份:
    2005
  • 资助金额:
    $ 28.35万
  • 项目类别:
Group-Theoretic Methods in Protein Structure Determina-n
蛋白质结构测定中的群论方法
  • 批准号:
    7214174
  • 财政年份:
    2005
  • 资助金额:
    $ 28.35万
  • 项目类别:
Group-Theoretic Methods in Protein Structure Determina-n
蛋白质结构测定中的群论方法
  • 批准号:
    7035801
  • 财政年份:
    2005
  • 资助金额:
    $ 28.35万
  • 项目类别:
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了