Research Center for Cancer Systems Biology: Cancer Cell Map Initiative

癌细胞分布图倡议： 美国癌症系统生物学研究中心 总体汇总 癌症基因组图谱及其姊妹项目现已完成了对超过10，000个肿瘤基因组的分析， 提供了一个基因突变，拷贝数变异和其他遗传变异的目录， 癌然而，在许多情况下，仍然不清楚哪些是关键驱动突变或依赖性， 以及这些因素如何影响发病机制和对治疗的反应。虽然类似类型的肿瘤 临床结果可能具有惊人不同的突变模式，这一点越来越明显， 这些突变反复劫持相同的标志性分子途径和网络。 基于这个理由， 癌症的研究和治疗越来越依赖于多种生物网络的知识。 类型，包括蛋白质之间的物理相互作用和合成的非致死性和上位性相互作用， 基因. 在这里，我们寻求支持的一项新的努力，癌症细胞地图倡议（CCMI），旨在 全面详细介绍了癌症基因和蛋白质之间的复杂相互作用以及它们之间的差异 疾病和健康状态之间的区别 CCMI是加州大学的一个多校区倡议， 以加州大学旧金山分校弗朗西斯科和加州大学圣地亚哥分校为中心，利用先进的网络映射、计算 在过去的十年中，CCMI的多个研究人员开发了分析和癌症研究平台。因此 这些平台将被用于有效地生成、组装和分析癌症分子网络 着眼于基于通路和网络的个性化治疗。具体来说，在未来五年内， CCMI将寻求通过以下方式促进癌症研究和治疗的主要阶段性转变：（1）全面 绘制癌症蛋白质之间的物理相互作用网络，揭示蛋白质复合物， 癌症中选择作用下的高阶分子单位（2）绘制合成的非致死性平行网络 和上位性相互作用，揭示了癌基因的功能逻辑。 用于癌细胞组装和使用的强大计算方法、终端用户软件和数据库 基础和临床模式的网络图（4）建立关键质量的领先癌症研究人员 （5）培训现有的和 网络生物学及其在癌症研究中的应用的下一代科学家。

THE CANCER CELL MAP INITIATIVE:  A NATIONAL RESEARCH CENTER FOR CANCER SYSTEMS BIOLOGY  OVERALL SUMMARY  The Cancer Genome Atlas and sister projects have now completed analysis of over 10,000 tumor genomes,  providing  a  catalog  of  the  gene  mutations,  copy  number  variants  and  other  genetic  alterations  that  cause  cancer. In many cases it remains unclear, however, which are the key driver mutations or dependencies in a  given cancer and how these influence pathogenesis and response to therapy. Although tumors of similar types  and clinical outcomes can have patterns of mutations that are strikingly different, it is becoming apparent that  these  mutations  recurrently  hijack  the  same  hallmark  molecular  pathways  and  networks.  For  this  reason,  cancer  research  and  treatment  is  increasingly  dependent  on  knowledge  of  biological  networks  of  multiple  types,  including  physical  interactions  among  proteins  and  synthetic­lethal  and  epistatic  interactions  among  genes.  Here  we  seek  support  for  a  new  effort,  The  Cancer  Cell  Map  Initiative  (CCMI),  aimed  at  comprehensively detailing these complex interactions among cancer genes and proteins and how they differ  between  diseased  and  healthy  states.  The  CCMI  is  a  multi­campus  initiative  of  the  University  of  California,  centered at UC San Francisco and UC San Diego, which leverages advanced network mapping, computational  analysis and cancer research platforms developed by multiple CCMI investigators over the past decade. Thus  primed, these platforms will be turned to efficiently generate, assemble and analyze cancer molecular networks  with a view towards pathway and network­based personalized therapy. Specifically, over the next five years  the CCMI will seek to catalyze major phase transitions in cancer research and therapy by (1) Comprehensively  mapping  the  networks  of  physical  interactions  among  cancer  proteins,  revealing  the  protein  complexes  and  higher­order  molecular  units  under  selection  in  cancer;  (2)  Mapping  the  parallel  networks  of  synthetic­lethal  and epistatic interactions among cancer genes, revealing the functional logic of cancer; (3) Establishing the  robust  computational  methodology,  end­user  software,  and  databases  for  assembly  and  use  of  cancer  cell  network maps in both basic and clinical modalities; (4) Building a critical mass of leading cancer investigators  worldwide  to  expand  CCMI  into  a  global  coordinated  partnership;  and  (5)  Training  the  current  and  next­generation of scientists in Network Biology and its applications to cancer research.