Visium spatial transcriptome analysis add on to the current proposed scRNA seq analysis
Visium 空间转录组分析添加到当前提出的 scRNA seq 分析中
基本信息
- 批准号:10829137
- 负责人:
- 金额:$ 13.66万
- 依托单位:
- 依托单位国家:美国
- 项目类别:
- 财政年份:2021
- 资助国家:美国
- 起止时间:2021-08-01 至 2026-07-31
- 项目状态:未结题
- 来源:
- 关键词:APEXL2 GeneAcute Renal Failure with Renal Papillary NecrosisAffectAntisense Oligonucleotide TherapyCell CommunicationCellsChromosome MappingCisplatinComplexGene ExpressionGene Expression ProfileGene Expression ProfilingImmune responseIndividualKidneyModelingMolecularMorbidity - disease rateProcessResearchResolutionSpatial DistributionTechniquesTissuescell typehistological imageinterestmortalityresponsesingle-cell RNA sequencingtherapeutic targettranscriptometranscriptome sequencingtranscriptomicstreatment response
项目摘要
ABSTRACT:
This application is being submitted in response to the Notice of Special Interest (NOSI) identified
as NOT-CA-23-045.
Cisplatin induced Acute kidney injury (C-AKI) is a complex condition with significant morbidity and
mortality. Our research team aims to investigate the cellular and molecular mechanisms involved
in AKI and therapy response. We have used single-cell RNA sequencing (scRNA seq) to
investigate gene expression levels in individual cells. However, scRNA seq lacks spatial context,
which is important for understanding cell-cell interactions and the microenvironment. Therefore,
we propose adding Visium Spatial Transcriptomics, a cutting-edge technique that combines
histological imaging with RNA sequencing, to our study. We aim to analyze gene expression
levels in a spatially resolved manner, identify new cell types and their spatial distribution, and
generate high-resolution maps of gene expression patterns in kidney tissue. To investigate the
spatial expression patterns of genes involved in the immune response and other processes
affected by APE2-ASO treatment, we propose a study using Visium Spatial Transcriptomics in
the APE2 ASO-treated cisplatin-induced AKI model. By adding Visium Spatial Transcriptomics to
our ongoing AKI study, we aim to gain a deeper understanding of the cellular and molecular
mechanisms involved and identify potential therapeutic targets.
摘要:
本申请是针对特别利益通知(NOSI)而提交的
不是-CA-23-045。
顺铂诱导的急性肾损伤(C-AKI)是一种复杂的疾病,具有显著的发病率和
死亡率。我们的研究团队致力于研究相关的细胞和分子机制。
在AKI和治疗反应方面。我们已经使用单细胞RNA测序(ScRNA Seq)来
研究单个细胞中的基因表达水平。然而,scRNA序列缺乏空间背景,
这对于理解细胞间的相互作用和微环境是重要的。因此,
我们建议增加维西姆空间转译,这是一种尖端技术,结合了
组织学成像与RNA测序,对我们的研究。我们的目标是分析基因表达
以空间分辨的方式确定新的细胞类型及其空间分布,以及
生成肾脏组织中基因表达模式的高分辨率地图。为了调查
参与免疫反应和其他过程的基因的空间表达模式
受APE2-ASO治疗的影响,我们提出了一项利用Viimum空间转录组学在
APE_2 ASO治疗顺铂诱导的急性心肌梗死模型。通过将维西姆空间转录组合添加到
我们正在进行的AKI研究,我们的目标是更深入地了解细胞和分子
并确定潜在的治疗靶点。
项目成果
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