Disease subtyping guided by clinical phenotype for precision medicine

以临床表型为指导的疾病亚型精准医学

基本信息

  • 批准号:
    10558889
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 30.5万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
    2023
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2023-02-03 至 2026-11-30
  • 项目状态:
    未结题

项目摘要

Abstract Unsupervised cluster analysis has been widely applied to omics data analysis for identifying molecular disease subtypes, which may present distinct disease prognosis and/or unique underlying disease mechanism. The findings can ultimately establish foundations for precision medicine. Existing disease subtyping methods in the literature are, however, purely unsupervised. The identified disease subtypes are often irrelevant to clinical outcome and cannot be translated into clinical practice. We hypothesize that an outcome-guided molecular disease subtyping framework with systematic integration of multi-omics data, clinical information and biological pathway knowledge will generate disease relevant and clinically actionable subtypes towards precision medicine. The developed methods are expected to be applicable for a wide range of complex diseases, where disease subtyping may be instrumental for finding novel therapeutic targets or improving treatment decisions. The specific aims are: (1) Develop outcome-guided clustering (OG-Clust) framework for disease subtyping using a single omics dataset. (2) Develop outcome-guided clustering (OG-Clust) framework for integrating multiple omics datasets. (3) Application and validation in breast cancer and pediatric asthma.
摘要 非监督聚类分析已被广泛应用于识别分子疾病的组学数据分析 亚型,可能表现出不同的疾病预后和/或独特的潜在疾病机制。这个 这些发现最终可以为精准医学奠定基础。现有的疾病亚型方法在 然而,文学纯粹是无人监督的。已识别的疾病亚型通常与临床无关 结果,并且不能转化为临床实践。我们假设一个以结果为导向的分子 多组学数据、临床信息和生物学系统集成的疾病亚型框架 路径知识将产生疾病相关和临床可操作的亚型,走向精准医学。 所开发的方法预计将适用于广泛的复杂疾病,其中疾病 亚型可能有助于寻找新的治疗靶点或改善治疗决策。这个 具体目标是:(1)开发结果导向聚类(OG-CLUST)框架,用于疾病亚型划分 单一组学数据集。(2)开发集成多组学的结果导向聚类(OG-CLUST)框架 数据集。(3)在乳腺癌和儿童哮喘中的应用和验证。

项目成果

期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

George C. Tseng其他文献

Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies
整合多个批量或单细胞转录组研究时用于检测多类生物标志物的相互信息
  • DOI:
  • 发表时间:
    2024
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Jian Zou;Zheqi Li;N. Carleton;S. Oesterreich;Adrian V. Lee;George C. Tseng
  • 通讯作者:
    George C. Tseng
Sex-Specific Concordance of Striatal Transcriptional Signatures of Opioid Addiction in Human and Rodent Brains
人类和啮齿动物大脑中阿片类药物成瘾的纹状体转录特征的性别特异性一致性
  • DOI:
    10.1016/j.bpsgos.2025.100476
  • 发表时间:
    2025-05-01
  • 期刊:
  • 影响因子:
    3.700
  • 作者:
    Micah A. Shelton;Nicole Horan;Xiangning Xue;Lisa Maturin;Darrell Eacret;Julie Michaud;Navsharan Singh;Benjamin R. Williams;Mackenzie C. Gamble;Joseph A. Seggio;Madeline K. Fish;BaDoi N. Phan;George C. Tseng;Julie A. Blendy;Leah C. Solberg Woods;Abraham A. Palmer;Olivier George;Ryan W. Logan;Marianne L. Seney
  • 通讯作者:
    Marianne L. Seney
MetaOmics: Comprehensive Analysis Pipeline and Browser-based Software Suite for Transcriptomic Meta-Analysis
MetaOmics:用于转录组荟萃分析的综合分析管道和基于浏览器的软件套件
  • DOI:
  • 发表时间:
    2019
  • 期刊:
  • 影响因子:
    5.8
  • 作者:
    Tianzhou Ma;Zhiguang Huo;Anche Kuo;Li Zhu;Zhou Fang;Xiangrui Zeng;Chien-Wei Lin;Silvia Liu;Lin Wang;Tanbin Rahman;Lun-Ching Chang;Sunghwan Kim;Jia Li;Yongseok Park;Chi Song;Steffi Oesterreich;Etienne Sibille;George C. Tseng
  • 通讯作者:
    George C. Tseng
Sex and regional differences in gene expression across the striatum in psychosis
精神病患者纹状体中基因表达的性别和区域差异
  • DOI:
    10.1038/s41398-025-03395-3
  • 发表时间:
    2025-06-05
  • 期刊:
  • 影响因子:
    6.200
  • 作者:
    Megan S. Perez;RuoFei Yin;Madeline R. Scott;Wei Zong;Marianne L. Seney;Xiangning Xue;Mariah A. Hildebrand;Vaishnavi G. Shankar;Jill R. Glausier;David A. Lewis;George C. Tseng;Kyle D. Ketchesin;Colleen A. McClung
  • 通讯作者:
    Colleen A. McClung
Accurate and Ultra-Efficient p-Value Calculation for Higher Criticism Tests
准确且超高效的 p​​ 值计算,适用于更高的批评测试

George C. Tseng的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('George C. Tseng', 18)}}的其他基金

Congruence of mouse model to human in transcriptomic response
小鼠模型与人类转录组反应的一致性
  • 批准号:
    9768543
  • 财政年份:
    2018
  • 资助金额:
    $ 30.5万
  • 项目类别:
Power calculation and design issues in next-generation sequencing
下一代测序中的功率计算和设计问题
  • 批准号:
    8963892
  • 财政年份:
    2015
  • 资助金额:
    $ 30.5万
  • 项目类别:
Power calculation and design issues in next-generation sequencing
下一代测序中的功率计算和设计问题
  • 批准号:
    9278965
  • 财政年份:
    2015
  • 资助金额:
    $ 30.5万
  • 项目类别:
Power calculation and design issues in next-generation sequencing
下一代测序中的功率计算和设计问题
  • 批准号:
    9107428
  • 财政年份:
    2015
  • 资助金额:
    $ 30.5万
  • 项目类别:

相似海外基金

MRI and Biological Markers of Acute E-Cigarette Exposure in Smokers and Vapers
吸烟者和电子烟使用者急性电子烟暴露的 MRI 和生物标志物
  • 批准号:
    10490338
  • 财政年份:
    2021
  • 资助金额:
    $ 30.5万
  • 项目类别:
MRI and Biological Markers of Acute E-Cigarette Exposure in Smokers and Vapers
吸烟者和电子烟使用者急性电子烟暴露的 MRI 和生物标志物
  • 批准号:
    10353104
  • 财政年份:
    2021
  • 资助金额:
    $ 30.5万
  • 项目类别:
Investigating pollution dynamics of swimming pool waters by means of chemical and biological markers
利用化学和生物标记物研究游泳池水体的污染动态
  • 批准号:
    21K04320
  • 财政年份:
    2021
  • 资助金额:
    $ 30.5万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
MRI and Biological Markers of Acute E-Cigarette Exposure in Smokers and Vapers
吸烟者和电子烟使用者急性电子烟暴露的 MRI 和生物标志物
  • 批准号:
    10688286
  • 财政年份:
    2021
  • 资助金额:
    $ 30.5万
  • 项目类别:
Novel biological markers for immunotherapy and comprehensive genetic analysis in thymic carcinoma
用于胸腺癌免疫治疗和综合遗传分析的新型生物标志物
  • 批准号:
    20K17755
  • 财政年份:
    2020
  • 资助金额:
    $ 30.5万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
Examination of Biological Markers Associated with Neurobehavioral and Neuropsychological Outcomes in Military Veterans with a History of Traumatic Brain Injury
与有脑外伤史的退伍军人的神经行为和神经心理结果相关的生物标志物的检查
  • 批准号:
    10578649
  • 财政年份:
    2019
  • 资助金额:
    $ 30.5万
  • 项目类别:
Examination of Biological Markers Associated with Neurobehavioral and Neuropsychological Outcomes in Military Veterans with a History of Traumatic Brain Injury
与有脑外伤史的退伍军人的神经行为和神经心理结果相关的生物标志物的检查
  • 批准号:
    10295141
  • 财政年份:
    2019
  • 资助金额:
    $ 30.5万
  • 项目类别:
Examination of Biological Markers Associated with Neurobehavioral and Neuropsychological Outcomes in Military Veterans with a History of Traumatic Brain Injury
与有脑外伤史的退伍军人的神经行为和神经心理结果相关的生物标志物的检查
  • 批准号:
    10041708
  • 财政年份:
    2019
  • 资助金额:
    $ 30.5万
  • 项目类别:
Examination of Biological Markers Associated with Neurobehavioral and Neuropsychological Outcomes in Military Veterans with a History of Traumatic Brain Injury
与有脑外伤史的退伍军人的神经行为和神经心理结果相关的生物标志物的检查
  • 批准号:
    9776149
  • 财政年份:
    2019
  • 资助金额:
    $ 30.5万
  • 项目类别:
Combining biological and non-biological markers to develop a model predictive of treatment response for individuals with depression
结合生物和非生物标志物来开发预测抑郁症患者治疗反应的模型
  • 批准号:
    2063934
  • 财政年份:
    2018
  • 资助金额:
    $ 30.5万
  • 项目类别:
    Studentship
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了