Interactions entre le streptomyces scabiei, les streptomycètes non pathogènes et les végétaux

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Mon groupe représente l'un des rares laboratoires consacrant l'essentiel de ses efforts à étudier les interactions entre les actinomycètes et les végétaux. Nos travaux seront axés sur l'élucidation des mécanismes de virulence de l'agent causal de la gale commune, le Streptomyces scabiei. Les objectifs sont : 1) d'identifier les protéines dégradant la subérine et la cellulose lors de l'interaction entre le S. scabiei et la pomme de terre, 2) d'identifier les voies impliquées dans la régulation de la biosynthèse de la thaxtomine, une toxine qui cause la nécrose des tissus végétaux et 3) d'établir la relation entre la différentiation cellulaire et le pouvoir pathogène de S. scabiei. Deux des polymères retrouvés en surface des tubercules, la subérine et la cellulose, jouent un rôle primordial dans la pathogénèse. Par protéomique, nous identifierons les protéines de S. scabiei qui sont impliquées dans la dégradation de ces polymères. Nous confirmerons l'importance des enzymes en procédant à des études d'hybridation d'ARNm in situ. Pour élucider les mécanismes régulant la biosynthèse de la thaxtomine, diverses approches seront utilisées. Des mutants produisant de façon constitutive cette toxine seront générés par la technique de « genome shuffling » puis leurs profils protéiques seront comparés à celui de la souche sauvage. L'approche protéomique sera aussi utilisée pour comprendre l'effet inhibiteur du tryptophane sur la production de la toxine. Pour élucider la relation entre la différentiation cellulaire et la pathogénèse, l'effet de la subérine et du cellobiose sur le transcriptome sera évalué en utilisant des puces à ADN. Des ruptures géniques confirmeront l'importance des gènes identifiés dans le cycle développemental et le pouvoir pathogène.