Identifications d'espèces aquatiques par l'ADN environnemental

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Ce projet ENGAGE consiste à développer des outils novateurs basés sur l'ADN pour l'identification d'espèces de poissons. La compagnie, groupe AIM, effectue de nombreuses études d'impact qui nécessitent des pêches invasives dans plusieurs lacs afin de dresser un inventaire des espèces présentes. Ces études d'impact sont longues et coûteuses pour la compagnie puisqu'il faut rester sur place quelques jours pour effectuer ce travail. De plus, certaines espèces de poissons s'enfouissent dans la vase et ne sont pas bien détectées avec les outils de pêches traditionnels, ce qui entraine une sous-estimation de la biodiversité. Une nouvelle technique basée sur l'ADN environnemental (ADN provenant du mucus et/ou écailles de poissons et qui est présent dans l'eau) pourrait révolutionner ces études d'impact et faciliter grandement le travail de la compagnie. Dans le cadre de ce projet, cinq lacs seront échantillonnés par pêche traditionnelle et les différentes espèces de poissons y seront dénombrées. Une partie de la nageoire adipeuse ou de morceaux de chaire d'un individu de chaque espèce sera prélevé afin de servir de contrôle positif. Deux litres d'eau seront prélevés à 20 localisations de chaque lac. L'ADN présent dans l'eau sera extrait et amplifié en utilisant des amorces spécifiques aux différentes espèces de poissons. Des tests d'amplifications seront réalisés au préalable sur les contrôles positifs afin de s'assurer de l'efficacité des amorces. Les produits de l'amplification de l'ADN présent dans l'eau seront séquencés afin de s'assurer que le produit amplifié correspond à la portion de gènes de l'espèce en question. Une comparaison entre les résultats tirés de la pêche traditionelle (présence et abondance des différentes espèces de poissons) et des analyses d'ADN en laboratoire permettront de déterminer si toutes les espèces ayant été pêchées dans les lacs ont laissé des traces d'ADN dans l'eau et ont ainsi pu être détectées par PCR et à partir de quelle densité il est possible d'obtenir un signal dans l'eau . Ce projet constitue une opportunité unique de développer des outils rapides et précis pour le suivi environnemental et de permettre à l'entreprise, groupe AIM, de se démarquer au niveau des études d'impact.