Integrative Neuroinformatics for Neuroanatomy

神经解剖学综合神经信息学

基本信息

  • 批准号:
    RGPIN-2017-06875
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 2.26万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    加拿大
  • 项目类别:
    Discovery Grants Program - Individual
  • 财政年份:
    2019
  • 资助国家:
    加拿大
  • 起止时间:
    2019-01-01 至 2020-12-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

Decoding the human genome has allowed us to discover associations between specific genes and diseases. It has also enabled us to measure expression or usage of all genes in the brain. The brain is the most complex object known to man, this complexity is seen in differences in gene usage in the brain, with three-quarters of genes changing across brain regions or age. While many genes are known to directly affect brain structure, many genes used in the brain play unknown roles. This research seeks to find patterns of gene usage that can help understand three other measures of the human brain. The first is neuroanatomy, we seek to find genes that differ across different regions and layers of the brain by combining several large datasets of gene usage. Second, we will join gene usage information with the grayscale images produced from magnetic resonance scans (MRI). Lastly, we examine epigenetic information that influences gene usage by marking the genome with specific tags. We will test if the relationships between gene usage and these methylation tags are different across time or sex. This work aims to increase our understanding of the molecules underlying neuroimages, brain structure, and control of gene usage. These projects will be undertaken by students that will learn how to apply data science methods to handle the large and complex datasets.******According to the Canadian Mental Health Association, one in five Canadians will experience mental illness in their lifetime. Reducing this high burden is limited by the complexity of the brain, challenging our efforts to find cures. Our above work that involves examining sets of genes is of key importance to understanding complex mental illness. For disorders like schizophrenia, depression, and intellectual disability we do not understand which components of the brain are disrupted. However, we do know that these disorders are associated with changes in many genes. Our work to characterize what genes are doing in the brain may help find common characteristics of mental health associated genes. These clues can help guide therapeutic treatments. In this regard, all of our tools will be open source and freely available online for others to see their genes of interest across the landscape of the brain.
解码人类基因组使我们能够发现特定基因与疾病之间的联系。它还使我们能够测量大脑中所有基因的表达或使用。大脑是人类已知的最复杂的物体,这种复杂性体现在大脑基因使用的差异上,四分之三的基因在大脑区域或年龄上发生变化。虽然已知许多基因直接影响大脑结构,但大脑中使用的许多基因发挥的作用未知。这项研究试图找到基因使用的模式,可以帮助理解人类大脑的其他三个指标。第一个是神经解剖学,我们试图通过结合几个大型基因使用数据集来找到大脑不同区域和不同层次的基因。其次,我们将基因使用信息与磁共振扫描(MRI)产生的灰度图像相结合。最后,我们检查表观遗传信息,影响基因的使用标记的基因组与特定的标签。我们将测试基因使用和这些甲基化标签之间的关系是否随时间或性别而不同。这项工作旨在增加我们对神经图像,大脑结构和基因使用控制的分子的理解。这些项目将由学生承担,他们将学习如何应用数据科学方法来处理大型和复杂的数据集。根据加拿大心理健康协会的数据,五分之一的加拿大人在一生中会经历精神疾病。减轻这种高负担受到大脑复杂性的限制,挑战了我们寻找治疗方法的努力。我们上述涉及检查基因组的工作对于理解复杂的精神疾病至关重要。对于精神分裂症、抑郁症和智力障碍等疾病,我们不知道大脑的哪些组成部分受到了破坏。然而,我们确实知道这些疾病与许多基因的变化有关。我们对基因在大脑中作用的描述可能有助于找到心理健康相关基因的共同特征。这些线索可以帮助指导治疗。在这方面,我们所有的工具都将是开源的,并且可以在网上免费获得,让其他人可以在大脑的整个景观中看到他们感兴趣的基因。

项目成果

期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)

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French, Leon其他文献

Application and evaluation of automated methods to extract neuroanatomical connectivity statements from free text
  • DOI:
    10.1093/bioinformatics/bts542
  • 发表时间:
    2012-11-15
  • 期刊:
  • 影响因子:
    5.8
  • 作者:
    French, Leon;Lane, Suzanne;Pavlidis, Paul
  • 通讯作者:
    Pavlidis, Paul
Providing Care Beyond Therapy Sessions With a Natural Language Processing-Based Recommender System That Identifies Cancer Patients Who Experience Psychosocial Challenges and Provides Self-care Support: Pilot Study.
通过基于自然语言处理的推荐系统,为您提供治疗课程的护理,以确定经历了社会心理挑战并提供自我保健支持的癌症患者:试点研究。
  • DOI:
    10.2196/35893
  • 发表时间:
    2022-07-29
  • 期刊:
  • 影响因子:
    2.8
  • 作者:
    Leung, Yvonne W.;Park, Bomi;Heo, Rachel;Adikari, Achini;Chackochan, Suja;Wong, Jiahui;Alie, Elyse;Gancarz, Mathew;Kacala, Martyna;Hirst, Graeme;de Silva, Daswin;French, Leon;Bender, Jacqueline;Mishna, Faye;Gratzer, David;Alahakoon, Damminda;Esplen, Mary Jane
  • 通讯作者:
    Esplen, Mary Jane
Transcriptomic Characterization of the Human Insular Cortex and Claustrum
  • DOI:
    10.3389/fnana.2019.00094
  • 发表时间:
    2019-11-27
  • 期刊:
  • 影响因子:
    2.9
  • 作者:
    Ibrahim, Christine;Le Foll, Bernard;French, Leon
  • 通讯作者:
    French, Leon
Using text mining to link journal articles to neuroanatomical databases.
  • DOI:
    10.1002/cne.23012
  • 发表时间:
    2012-06-01
  • 期刊:
  • 影响因子:
    2.5
  • 作者:
    French, Leon;Pavlidis, Paul
  • 通讯作者:
    Pavlidis, Paul
Informatics in neuroscience
  • DOI:
    10.1093/bib/bbm047
  • 发表时间:
    2007-11-01
  • 期刊:
  • 影响因子:
    9.5
  • 作者:
    French, Leon;Pavlidis, Paul
  • 通讯作者:
    Pavlidis, Paul

French, Leon的其他文献

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Integrative Neuroinformatics for Neuroanatomy
神经解剖学综合神经信息学
  • 批准号:
    RGPIN-2017-06875
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    $ 2.26万
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    $ 2.26万
  • 项目类别:
    Postdoctoral Fellowships
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    420974-2012
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    Postdoctoral Fellowships
Bioinformatics for Human Neuroanatomy
人类神经解剖学生物信息学
  • 批准号:
    420974-2012
  • 财政年份:
    2012
  • 资助金额:
    $ 2.26万
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    $ 2.26万
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    RGPIN-2020-04015
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    1000232010-2017
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知道了