华中地区蝙蝠寄生吸虫是我国乃至世界吸虫分类区系的重要组成部分。利用蝙蝠粪便中虫卵的特定基因序列能够辅助鉴定蝙蝠体内寄生吸虫种类并分析分子系统关系；蝙蝠消化道内寄生蠕虫的种群和群落结构也被研究。通过对华中地区的49个洞穴及贵州省和云南省的27个洞穴获得的蝙蝠标本进行检查。在寄生蠕虫感染的70个蝙蝠洞穴中，发现寄生吸虫、绦虫和线虫感染的蝙蝠洞穴分别为70、28和58个，寄生蠕虫感染的蝙蝠隶属于3科8属20种。华中地区49个洞穴及贵州省和云南省21个洞穴中蝙蝠消化道内共发现吸虫32种，隶属于5科9属，其中新种2种，朝鲜斜睾吸虫和蝙蝠斜睾吸虫等广泛分布，朝鲜斜睾吸虫和智利长吸盘吸虫数量多；华中地区21个洞穴及贵州省和云南省7个洞穴中蝙蝠消化道内共发现绦虫8种，隶属于1科1属，台湾蝙蝠绦虫和四川蝙蝠绦虫分布较广；华中地区41个洞穴及贵州和云南省17个洞穴中蝙蝠消化道内共发现线虫6种，隶属于3科4属，新种1种，比勒陀利亚圆钩线虫等分布广泛、数量也较多。选取来自17个洞穴中数量较多的13种吸虫研究虫卵与蝙蝠消化道内寄生吸虫的对应关系，完成了核糖体和线粒体特定序列的扩增和测序，31个洞穴蝙蝠粪便样本仅发现7个能够分离到虫卵，3个扩增到吸虫序列的洞穴收集的是新鲜蝙蝠粪便。通过虫卵特定序列的扩增、测序和测序结果分类排序建库，可以将来自不同洞穴中的朝鲜斜睾吸虫和济源中孔吸虫等虫体序列对应，并且通过虫卵的特定序列发现了唐氏新异形吸虫新种。构建的系统树表明不同宿主的同种个体间存在差异，新异形属更接近于枝腺科。消化道内寄生蠕虫种群和群落数据显示，消化道寄生蠕虫种群中一般有2种优势种。不同越冬期同一种群寄生蠕虫群落结构几乎没有变化，而不同种群相同越冬期寄生蠕虫群落结构差异明显。项目研究结果表明，华中地区蝙蝠种类和蝙蝠消化道内寄生吸虫种类资源丰富、分布范围比较广的种类较少；不同区域吸虫种类存在一定的差异，宿主不同，种类的差异越大，一些种类仅分布在几个狭窄的区域内。虫卵特定序列结合吸虫结构能够辅助用于吸虫种类的鉴定，通过跟踪能够查明该区域内是否有新的种类出现或发现新种。系统关系表明同种个体间存在差异，新异形属更接近于枝腺科。本项目的完成为我国野生动物体内寄生蠕虫的研究提供了新的基础资料，也为深入开展中国野生动物体内寄生蠕虫研究的同时有力地保护蝙蝠种群奠定基础，为我国寄生虫分类学研究提供新思路。