单细胞水平揭示RNA结合蛋白在造血干细胞分化中的功能与机制
批准号:
82070109
项目类别:
面上项目
资助金额:
55.0 万元
负责人:
王栋
依托单位:
学科分类:
造血、造血调控与造血微环境
结题年份:
2024
批准年份:
2020
项目状态:
已结题
项目参与者:
王栋
中文摘要
RNA结合蛋白对于RNA的合成、剪接、定位和翻译等调控进程都具有关键作用,然而RNA结合蛋白在造血干细胞(HSC)分化中的系统认识仍不完善。因此,在前期整理的单细胞数据与分析平台基础之上,本项目拟综合利用单细胞转录组测序、机器学习算法与生物信息分析技术和体内外实验等方法,建立单细胞水平小鼠成体HSC分化和RNA结合蛋白分析平台,系统解析RNA结合蛋白在小鼠成体HSC分化中的作用,呈现RNA结合蛋白在小鼠成体HSC分化中的动态表达模式,挖掘在小鼠成体HSC分化中重要时空表达特异的RNA结合蛋白,并揭示重要RNA结合蛋白调控小鼠成体HSC分化的功能和机制,不仅有利于深化RNA结合蛋白对HSC分化调控机制的理解和认识,同时也对阐明HSC分化尚未揭示的调控机制具有重要作用和意义。
英文摘要
RNA binding proteins (RBPs) act as a key role in multiple biological regulation processes, including RNA synthesis, splicing, localization and translation. However, the systematic understanding of RBPs in hematopoietic stem cell (HSC) differentiation remains elusive. Hence, according to single-cell data and analysis platform, this project intends to use single-cell RNA sequencing, machine learning algorithms and bioinformatics analysis techniques, and in vitro and in vivo experiments to establish mouse adult HSC differentiation and RBPs analysis platform. Then, it will systematically decipher dynamic expression patterns of RBPs, and identify important RBPs during mouse adult HSC differentiation. Finally, the underlying regulation mechanism and function of these RBPs during mouse adult HSC differentiation will be revealed. It is not only helpful to deepen the understanding for the molecular mechanisms of RBPs in HSC differentiation, but also has important role and significance to clarify the unknown regulation mechanism of HSC differentiation.
本项目开发构建系列RNA单细胞数据分析平台与算法工具,利用单细胞测序技术、机器学习算法与生物信息分析方法和体内外实验,系统解析RNA结合蛋白(RBP)在小鼠成体造血干细胞(HSC)分化中的功能和机制。主要研究内容侧重构建单细胞水平小鼠成体HSC分化和RBP分析平台,解析RBP在小鼠成体HSC分化中的时空特异变化及重要RBP调控小鼠成体HSC分化的功能与机制。通过将生物信息学分析与功能筛选相结合,解析RNA结合蛋白hnRNPLL在干细胞多能性退出过程中的调控作用;探索造血干细胞异质性对疾病发病机制和治疗的影响,指出HSC异质性亚群是导致血液疾病表型差异原因之一,为干细胞异质性与恶性疾病的发病机制和治疗反应的关联提供重要证据;揭示RNA结合蛋白Srsf2通过可变剪切调控造血干细胞发生,系统性揭示Srsf2通过可变剪切影响“内皮-造血”转换过程,为解析造血干细胞发生和深入探究体外诱导产生造血干细胞提供新的研究思路。共发表SCI论文10篇,其中ESI高被引论文2篇,研究成果发表在Cell Stem Cell、The EMBO Journal、Science Advances、Nucleic Acids Research和Briefings in Bioinformatics等学术期刊。
基于深度学习的造血谱系动态识别系统开发及其在急性髓系白血病治疗中的应用
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批准号:--
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项目类别:省市级项目
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资助金额:15.0万元
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批准年份:2024
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负责人:王栋
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依托单位:
基于深度学习的造血谱系细胞动态识别系统开发及应用研究
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批准号:82370106
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项目类别:面上项目
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资助金额:49万元
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批准年份:2023
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负责人:王栋
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依托单位:
基于非编码RNA互作网络解析病毒感染机制及药物预测研究
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批准号:--
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项目类别:省市级项目
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资助金额:10.0万元
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批准年份:2022
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负责人:王栋
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依托单位:
单细胞水平解析自噬在人类精子发生中的功能及机制
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批准号:--
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项目类别:省市级项目
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资助金额:10.0万元
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批准年份:2019
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负责人:王栋
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依托单位:
基于单细胞RNA深度测序解析自噬在胚胎造血干细胞发生中的功能及机制
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批准号:81770104
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项目类别:面上项目
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资助金额:55.0万元
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批准年份:2017
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负责人:王栋
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依托单位:
国内基金
海外基金