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从生物分子网络中挖掘功能模块和生物通路的模型与算法研究

批准号：
60873205
项目类别：
面上项目
资助金额：
34.0 万元
负责人：
章祥荪
依托单位：
中国科学院数学与系统科学研究院
学科分类：
生物信息计算与数字健康
结题年份：
2011
批准年份：
2008
项目状态：
已结题
项目参与者：
李珍萍、张世华、周文峰、刘治平、刘洪伟、张忠元、任仙文、邱宇青、王林
关键词：
生物信息学数据挖掘生物分子网络模型算法

项目摘要

结项摘要

项目成果

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中文摘要
复杂网络特别是生物分子网络，是当前科学界的研究热点。从生物分子网络中挖掘重要信息（如功能模块和生物通路）是生物信息学和系统生物学中备受关注的核心问题。现有的理论和方法仍然存在重大不足，例如有向网络的处理、大规模网络的计算效率、对已知信息的利用等。本项目针对这些缺陷以及尚未探索的空白领域，运用运筹学中的最优化和图论方法，定义和识别生物分子网络中的局部结构特征，进而提取出有价值的生物信息。具体问题包括无向和有向网络模块划分定量评价，针对生物分子网络特别是有向代谢网络的有效划分算法，适合大规模网络比对（保守模块识别）的模型和算法，生物通路识别数学模型和算法，不完全信息下的信息挖掘等。本项目的研究将推动国内运筹学、生物信息学及计算机科学理论及算法的交叉研究，并形成一系列有广泛影响的具有自主知识产权的应用软件。
英文摘要
期刊论文列表
专著列表
科研奖励列表
会议论文列表
专利列表
Determining modular organization of protein interaction networks by maximizing modularity density.
通过最大化模块化密度来确定蛋白质相互作用网络的模块化组织
DOI： 10.1186/1752-0509-4-s2-s10
发表时间： 2010-09-13
期刊： BMC systems biology
影响因子： --
作者： [Zhang S, Ning XM, Ding C, Zhang XS]
通讯作者： Zhang XS
Detecting community structure: From parsimony to weighted parsimony
DOI： 10.1007/s11424-010-0204-1
发表时间： 2010-11
期刊： Journal of Systems Science and Complexity
影响因子： 2.1
作者： [Junhua Zhang;Y. Qiu;Xiang-Sun Zhang]
通讯作者： Junhua Zhang;Y. Qiu;Xiang-Sun Zhang
Modularity optimization in community detection of complex networks (vol 87, pg 38002, 2009)
复杂网络社区检测中的模块化优化（第 87 卷，第 38002 页，2009 年）
DOI： --
发表时间： --
期刊： EPL
影响因子： 1.8
作者： [Wang, R. S., Wang, J., Wang, L., Wang, Y., Zhang, X. S., Chen, L., Qiu, Y.]
通讯作者： Qiu, Y.
Self-organizing map approaches for the haplotype assembly problem
单倍型组装问题的自组织图谱方法
DOI： 10.1016/j.matcom.2009.01.021
发表时间： 2009-06
期刊： Mathematics and Computers in Simulation
影响因子： 4.6
作者： [Chen, Luonan, Wu, Ling-Yun, Wang, Rui-Sheng, Zhang, Xiang-Sun, Li, Zhenping]
通讯作者： Li, Zhenping
共 21 条
    复杂网络中的优化问题及其在系统生物学中的应用
    第10届运筹学及其应用国际研讨会
    第9届运筹学及其应用国际研讨会
    生物信息学与最优化方法
    国内基金
    海外基金