复杂疾病的发生、发展是基因间、基因与环境间交互作用的结果。众多基因间的交互作用构成了复杂的遗传交互网络。正是此遗传交互网络从遗传机制上控制着疾病发生、发展的进程。基于群体的大规模SNP数据的关联分析已成为复杂疾病基因定位研究的主要方法。但其数据的统计分析仍面临巨大挑战，进而制约了遗传交互网络的构建。其关键所在是基因之间交互作用的统计推断方法尚未很好解决。为此本项目提出从"整体基因"入手，遵循关联分析基本原理，针对群体病例对照研究关联分析，将核典型相关等理论方法交叉融合，构建推断"整体基因"之间交互作用的新型统计量，并对其有效性和实用性进行评价。预期目标是构建基于核典型相关理论的"整体基因"间交互作用的统计推断方法及其软件。预期目标的实现将为"整体基因"间交互作用分析提供便利、高效的新方法，为遗传交互网络构建奠定基础，从而丰富和发展复杂疾病基因定位关联分析的统计分析方法体系。