DNA计算中编码序列集合设计

DNA计算是以编码DNA序列和相关的生物酶等作为基本材料，基于生化反应原理的一种新型的计算方式，在这种新型计算方式中,信息是通过DNA 分子的四种碱基来编码的, 并通过DNA 分子间的特异性杂交来实现的。编码问题的研究就是希望在实际的生化反应过程中，编码每一个信息元（或位）的 DNA分子能够被唯一识别，提高DNA计算的效率和可靠性，因而编码问题是DNA计算研究中的核心问题。在编码问题中主要关心二个指标: 编码数量和编码质量。编码数量越大，解决问题的应用规模也就越大；编码质量越高，DNA计算的可靠性越高。但是，在实际问题中它们是相互矛盾的。设计DNA序列集合就是在满足一定编码质量的条件下，求所能得到的最大的编码集合。针对DNA编码集合研究中深度和广度都有所欠缺的问题，结合DNA计算的实际需要，本项目提出了汉明距离约束及组合约束下的DNA编码界的理论与方法，以期提高DNA计算的规模和可靠性。