项目构建了肠道病毒EV71和CA16感染恒河猴婴猴动物模型，获得了感染后不同时间点呼吸系统、消化系统、血液循环系统、淋巴系统和神经系统各组织器官的病原学和病理学感染指标。感染可引发猴体呼吸系统肺炎、肺水肿以及神经系统脑炎和脊髓炎，表现出与人类重症感染相似临床症状和病理损伤。.利用恒河猴全基因组表达芯片和高通量测序技术，研究获得了EV71和CA16病毒感染猴体后猴外周血单核细胞、人支气管上皮细胞和人脐静脉内皮细胞的转录组学（mRNA, miRNA）研究一手资料，构建了EV71和CA16感染mRNA和miRNA差异表达谱。针对猴外周血单核细胞的转录组学分析，揭示了超过500个涉及细胞不同结构和功能的基因mRNA在感染和非感染组中存在显著表达差异，106个已知的miRNA和13个新发现的miRNA在正常猴和感染猴PBMC中表达差异显著，这些差异表达的mRNA和miRNA涉及到DNA复制、基因转录和蛋白表达、信号转导、免疫调节、细胞代谢等细胞生物学进程。针对感染人支气管上皮细胞miRNA转录组分析，揭示了154个已知miRNA和47个新发现miRNA在感染后支气管上皮细胞中表达差异显著。其中，有58个已知的和7个新发现的miRNA在EV71和CA16感染中呈现相反的表达趋势，涉及抗病毒免疫反应相关启动子转录、NF-κB、TRIF受体等123条信号通路。EV71与CA16感染诱导支气管上皮细胞IFN-I通路基因表达并不相同，EV71感染后TLR3/7、RIG-I、MDA5、MAVS、MyD88、IRF3/7、IFN-α/β的基因表达均显著上调，而在CA16感染后仅MDA5显著上调，TLR3和IRF3基因显著下降。病毒增殖数据表明，CA16病毒在呼吸道上皮细胞上的复制效率明显高于EV71。综合上述结果提示CA16更容易感染人呼吸道上皮细胞与影响IFN-I通路的潜在关系。针对感染人脐静脉内皮细胞miRNA转录组的分析，揭示30个miRNA在EV71和CA16的不同感染条件下呈现截然相反的表达趋势，8个差异表达的miRNA和6个靶蛋白分子发现与细胞吸附有关，涉及血脑屏障结构改变。此外，EV71和CA16感染肠道上皮细胞并在细胞中复制引起肠上皮细胞损伤，其中肠上皮连接分子Nectin1、Claudin4、Claudin5、ZO-1和E-Cadherin的排布被破坏，且表达量显著降低。