淹水胁迫是玉米生长期重要的非生物逆境因子。在淹水胁迫条件下，HZ32和MO17冠根的生长发育存在显著差异。在本项目中，我们以HZ32和MO17为材料构建了淹水处理不同时期玉米冠根的8个小RNA库，测序分析鉴定了26个一致性响应的miRNAs，其中7个为新的miRNAs。对4个降解组文库测序分析，发现了293个ESTs代表98个靶基因，特别是发现了11个新miRNA的17个靶基因。进一步地，通过RACE技术验证了几个代表性靶基因及其剪切位点。QPCR证实了miR164、miR167、miR393等的表达与其靶基因ARF、ids1、sid1、TIR和NAC表达的负相关。基于隐马可夫模型（HMM）我们预测并分离了17个玉米AGO蛋白（ZmAGOs）基因，这些ZmAGOs分为5个亚组。RT-PCR分析发现ZmAGO5b和ZmAGO18a在玉米根系组织中未检测到表达，15个ZmAGOs在玉米根系组织中表达；不同类型的根（初生根、冠根、种子根和侧根）组织中大多数ZmAGOs基因具有相似的表达模式，没有检测到受淹水胁迫特异性诱导表达的ZmAGO基因。进一步地，QPCR分析发现ZmAGOs在营养器官中表达量低，在繁殖器官中表达量高且表现出4种表达模式，特别是ZmAGO18b在减数分裂的雄穗中特异表达。RNA原位杂交和免疫组化证实了ZmAGO18b在减数分裂时期的花药的戎毡层和二分体中积累。RNA免疫沉淀结合RNA测序分析发现，ZmAGO18b特异性地结合zma-miR172和zma-miR319家族成员、以及LTR-Copia和LTR-Gypsy来源的siRNAs。另外，我们发现并证实了一个Mu插入ZmAGO18b的突变体。对减数分裂期的雄穗进行RNA-seq分析证实，伴随着突变体中ZmAGO18b的表达下降，其他ZmAGOs的表达却不同程度的上升，表现出一种功能补偿效应。我们发现一些ZmAGO18b特异性捕获的microRNAs的靶基因，如ids1,sid1,AP2和TCP等，其表达量在突变体中显著上升；一些花序发育相关基因（CO、FT、FLC、SOC1、AGL、AP1）的表达也显著变化。我们推测出，ZmAGO18b可能在玉米雄花建成与发育中起着重要的作用。