本项目以河南洛阳和上海两地栽培的凤丹、蓝芙蓉为研究材料，采用16S rDNA克隆文库构建、DGGE等分子生物学方法结合传统的可培养方法，初步解析了不同地区和不同基因型牡丹根部的细菌种群多样性特征（数量、结构、优势种属等）。结果表明，宿主基因型、土壤环境和季节因素都显著影响了其根部（根面、根际和散土）细菌种群的分布特征。从牡丹根际细菌中分离、筛选了一批具有产生IAA、铁载体、以及解磷和拮抗病原菌活性的功能细菌资源，并对其中一株对三种主要牡丹病害都具有拮抗活性的根际固氮菌CSM 1101进行了鉴定和促生、防病功能验证。另外，初步的分析表明，凤丹的生长及观赏特性与其栽培土壤的微生态活性以及根际细菌种群结构存在一定相关性。这些信息显示，提高牡丹栽培土壤的微生态功能，或者人工干预牡丹根际细菌种群的结构以及种群多样性，对于促进牡丹生长和提高观赏特性可能具有积极作用。本项目是首次采用分子生物学的非培养方法和传统的可培养方法，较为系统的研究牡丹根部细菌种群多样性特征。